Последними зданиями Раифской пустыни стали колокольня с надвратной церковью в честь Архистратига Божия Михаила и Троицкий собор. Строительство колокольни началось в 1889 году благодаря финансированию и подряду известного казанского благотворителя Михаила Тимофеевича Атлашкина.

Согласно преданию, строительство часовни сопровождалось особым знаком Божьего благоволения: один из монахов увидел над местом будущей часовни благословляющую руку, простирающуюся из светлого облака. В это же время другие слышали колокольный звон, связанный со смертью Филарета, предположительно в 1659 году, который был похоронен в Спасо-Преображенском монастыре. Для получения благословения на основание монастыря к Казанскому владыке от имени монахов обратился инок Фаддей. Митрополит Казанский и Свияжский Лаврентий одобрил это начинание и направил к отшельникам опытного казанского иеромонаха Савватия для устройства святой обители. В 1662 году была возведена первая деревянная церковь во имя святителя Евфимия, архиепископа Новгородского. Одновременно строилась стена с двумя надвратными храмами, один из которых, посвященный преподобным Отцам, убитым в Синае и Раифе, дал название самой обители, Раифская пустынь.