Восстановление монастыря началось в 1992 году, и к настоящему времени основные работы завершены: открыты оба храма и колокольня. Однако планы по развитию монастыря на этом не заканчиваются. Центральной частью монастыря является проходная колокольня. Первая колокольня была построена в 1848 году, но в 1926 году комиссия решила снять шпиль из-за угрозы обрушения. В 1930-х годах колокольню полностью разрушили, а на ее месте построили железнодорожную школу, позже ставшую средней общеобразовательной школой № 32. Когда встал вопрос о восстановлении колокольни, возникла проблема с местом строительства, так как школа продолжала функционировать, обучая около 600 учеников. Новую колокольню решили разместить слева и впереди от школы, в западной части монастыря напротив Иоанно-Предтеченского храма.

Изменилось не только местоположение, но и внешний вид колокольни. Из-за плотной застройки вокруг Казанского монастыря было решено сделать новую колокольню вдвое выше прежней. Строительство началось в 2009 году и завершилось в 2011 году. Шпиль был установлен с помощью вертолета. Высота новой колокольни составляет 106 метров, что делает ее третьей по высоте в России после колоколен Петропавловского собора в Санкт-Петербурге и Спасо-Преображенского собора в Рыбинске. В 2012 году в Воронеже отлили 14 колоколов, которые подключили к часам, видимым с четырех сторон. С завершением строительства колокольни монастырь получил центральный парадный вход. В ночное время все колокольни Тамбова ярко подсвечиваются.

30 августа 2014 года патриарх Московский и всея Руси Кирилл освятил новую монастырскую колокольню.