Колокольня была построена в начале XX века на участке земли, приобретённом у города. В марте 1906 года игуменья Зинаида обратилась к астраханскому епископу Георгию Орлову с просьбой разрешить строительство новой колокольни по выбранному проекту. Предварительные расчёты стоимости материалов и работ составили 20 тысяч рублей, из которых 15 тысяч выделил монастырь, а оставшиеся 5 тысяч планировалось собрать через пожертвования. Строительство было одобрено, и с весны 1905 года начались работы. К сентябрю 1907 года колокольня была завершена, однако итоговая стоимость оказалась значительно выше ожидаемой. Это произошло благодаря щедрым пожертвованиям, особенно от известного астраханского купца С.В. Носкова, что позволило расширить масштабы строительства. С приходом Советской власти монастырь был закрыт, а колокольня снесена в 1930 году.

В 2010 году начался второй этап восстановления Благовещенского монастыря, включавший воссоздание колокольни. Работы длились три года и обошлись более чем в 250 миллионов рублей, выделенных Министерством культуры России в рамках программы «Культура России». Были восстановлены фундамент и кирпичная кладка первого яруса, а также воссозданы второй и третий ярусы. Колокольня была построена заново по старым чертежам и фотографиям, с точным воспроизведением всех узоров и декоративных элементов. В декабре 2012 года состоялось освящение и установка креста, что ознаменовало завершение работ. Воссоздание утраченной звонницы планировалось начать в 2013 году.

Колокольня выполнена в изящном древнерусском стиле и имеет три яруса над святыми вратами, ведущими в обитель с западной стороны. Её высота превышает 60 метров. В основании колокольни находится прямоугольник святых врат, за которым следует первый мощный шестигранный ярус с шестью малыми прямоугольными окнами внизу и шестью круглыми вверху. Второй и третий ярусы более ажурные, с шестью большими окнами для звона. Колокольню венчает купол с позолоченными яблоком и восьмиконечным крестом. У основания главы золотыми буквами выведена надпись: «Благословен грядый во имя Господне». Над входом в обитель также воссоздана полукруглая надпись: «Радуйся Благодатная, Господь с Тобою». Ранее самый большой колокол утраченной звонницы весил около 7 тонн и обладал мощным звуком. На его верхней части была надпись: «Благовествуй земле радость велию», а на нижней: «В царствование императора Николая Александровича сооружён в женский Благовещенский монастырь в Астрахани при игумении Зинаиде, попечителе Стефании и монахине Платониде».