Князе-Владимирский храм был основан в 1888 году в честь 900-летия крещения Руси князем Владимиром, благодаря финансированию купца Василия Андреевича Литвинцева. В народе его называли «белым» или «литвинцевским». Проект храма был разработан архитектором Владиславом Кудельским по пожеланиям Литвинцева.

Обитель открылась 28 июля 1903 года в Знаменском предместье города.

В период Русско-японской войны 1904-1905 годов в монастыре располагался госпиталь Красного креста. При монастыре также действовали мужская богадельня, церковно-учительская семинария и мужская школа. Литвинцев завещал 400 тыс. рублей серебром на их обустройство. Церковно-учительская школа открылась в 1900 году и принимала выпускников церковно-приходских школ на трёхлетний курс. В 1905 году школа на 50 учащихся была преобразована в семинарию и переехала в новое здание. Кроме того, при монастыре работала двухлетняя образцовая школа на 75 учащихся, где соблюдался строгий режим с телесными наказаниями. Также действовала богадельня.

Обитель существовала до 1922 года, когда была закрыта. После этого на её территории располагались кавалерийский полк НКВД, детский дом и лаборатория геологического управления.

В конце 1990-х годов здания монастыря были переданы Иркутской епархии, и обитель была восстановлена.

В апреле 2001 года на купола храма установили кресты, а в сентябре 2002 года завершилась реставрация Князе-Владимирского храма.

Сейчас обитель функционирует как приходской храм.

В Князь-Владимирском храме активно действует Центр бесплатной юридической помощи «Самарянин», который оказывает помощь в вопросах гражданского, жилищного, трудового, семейного права, а также права социального обеспечения. Центр также занимается отдельными вопросами административного, налогового и уголовного права.