Монастырь был основан в 1688 году на средства Астраханского митрополита Савватия за пределами Белого города, на Ивановской улице, за рекой Кутум, притоком Волги. В 1723 году монастырь был закрыт и превращён в лазарет, но уже в 1727 году его восстановили. С 1764 года монастырь стал заштатным и необщежительным. Единственный храм, построенный из камня в 1697 году, был посвящён Иоанну Предтече, и в нём находилась особо почитаемая икона Иоанна Предтечи. С 1884 года при монастыре действовала церковно-приходская школа. В начале XX века в монастыре проживали игумен, восемь монахов и пять послушников. В 1919 году монастырь был закрыт, а его здания использовались для жилья и хозяйственных нужд. В 1940 году разобрали колокольню и надвратный храм во имя Иоанна Воина. Восстановление монастыря началось в 1992 году, а в 1995 году он был окончательно передан Церкви. 22 февраля 1995 года указом Патриарха Алексия II монастырь получил официальный статус. Первым наместником 24 апреля 1995 года стал иеромонах Иосиф, в миру Александр Станиславович Марьян. Первые насельники, иеромонахи Нил Бедняков и Нестор Небеснов, прибыли из Успенского собора.

Из-за болезни о. Иосифа 10 октября 1996 года обязанности наместника перешли к иеромонаху Филиппу Трещёву. В том же году в монастыре впервые после его возрождения состоялся монашеский постриг.

С назначением 28 декабря 2000 года иеромонаха Петра Барбашова наместником, процесс возрождения монастыря ускорился. Территория была ограждена металлическим забором, что позволило избавиться от нежелательных посетителей. В 2001 году началось строительство бани и братского корпуса. Новый корпус был двухэтажным: на первом этаже разместились трапезная, лекционный зал, столярная мастерская и гараж, а на втором, кельи. В 2002 году монастырь посетил Патриарх Алексий II, и тогда же был возвращён игуменский корпус. В 2003 году завершилась реконструкция корпуса, где разместились классы воскресной школы, хоровой класс, ризная и библиотека. В 2004 году был основан скит-подворье в селе Николо-Комаровка, где освятили домовую церковь в честь иконы Божией Матери «Неупиваемая Чаша». В 2005 году обновили купола монастырского храма. Братия взяла под опеку церковь Введения во храм Пресвятой Богородицы, где возобновились службы. В 2006 году началась реставрация фасада храма и росписей. В 2007 году была построена новая трансформаторная подстанция, а старая демонтирована. В 2008 году заменили окна храма, обновили кирпичную кладку и покрасили стены. Впервые за многие годы в церкви Введения во храм Пресвятой Богородицы состоялось венчание. В сентябре 2009 года при монастыре открылся Центр дополнительного образования «Боголепъ». 20 октября 2009 года архиепископ Иона Карпухин освятил монастырский храм. Летом 2010 года состоялся первый постриг в великую схиму. Схимонах Митрофан стал первым схимником в епархии. В январе 2011 года прошла выставка фоторабот игумена Петра Барбашова.

На 2011 год в монастыре проживали 14 насельников, включая игумена, наместника, иеромонахов, иеродиаконов, монахов и послушников.

В 2012 году вышла книга Л. Г. Бухтояровой «Дорога длиною в три столетия», посвящённая монастырю. В ней собраны исторические материалы о монастыре и его современной жизни. В 2013 году, после долгих переговоров, монастырю вернули два корпуса келий, что позволило восстановить его историческую целостность. С Пасхи 2016 года храм украшен подсветкой из 182 светильников. На 2018 год в монастыре проживали 12 человек братии, не считая послушников.