Le monastère a été fondé en 1688 avec les fonds de l'archevêque d'Astrakhan Savvaty, en dehors de la ville blanche, sur la rue Ivanovskaya, au bord de la rivière Kutum, un affluent de la Volga. En 1723, le monastère a été fermé et transformé en lazaret, mais il a été restauré en 1727. Depuis 1764, le monastère est devenu hors statut et non communautaire. Le seul temple, construit en pierre en 1697, était dédié à Jean-Baptiste, et il abritait une icône particulièrement vénérée de Jean-Baptiste. Depuis 1884, une école paroissiale fonctionnait au monastère. Au début du XXe siècle, le monastère abritait un higoumène, huit moines et cinq novices. En 1919, le monastère a été fermé, et ses bâtiments ont été utilisés pour le logement et des besoins économiques. En 1940, le clocher et le temple de la porte au nom de Jean le Guerrier ont été démolis. La restauration du monastère a commencé en 1992, et en 1995, il a été définitivement transféré à l'Église. Le 22 février 1995, par décret du Patriarche Alexis II, le monastère a reçu un statut officiel. Le premier supérieur, le 24 avril 1995, était le hiéromoine Joseph, dans le monde Alexandre Stanislavovich Maryan. Les premiers habitants, les hiéromoines Nil Bednyakov et Nestor Nebesnov, sont arrivés de la cathédrale de l'Assomption.

En raison de la maladie du père Joseph, le 10 octobre 1996, les fonctions de supérieur ont été transférées au hiéromoine Philippe Tréchev. La même année, pour la première fois depuis sa renaissance, une tonsure monastique a eu lieu au monastère.

Avec la nomination, le 28 décembre 2000, du hiéromoine Pierre Barbashov comme supérieur, le processus de renaissance du monastère s'est accéléré. Le territoire a été clôturé par une barrière métallique, ce qui a permis de se débarrasser des visiteurs indésirables. En 2001, la construction d'un bain et d'un bâtiment pour les frères a commencé. Le nouveau bâtiment était à deux étages : au rez-de-chaussée se trouvaient la salle à manger, une salle de cours, un atelier de menuiserie et un garage, et au deuxième étage, des cellules. En 2002, le Patriarche Alexis II a visité le monastère, et à ce moment-là, le bâtiment de l'higoumène a été restitué. En 2003, la reconstruction du bâtiment, où se trouvaient les classes de l'école du dimanche, la classe de chœur, la sacristie et la bibliothèque, a été achevée. En 2004, un skit a été fondé dans le village de Nikolo-Komárovka, où une église domestique a été consacrée en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu « La Coupe Inépuisable ». En 2005, les dômes du temple monastique ont été rénovés. La communauté a pris sous son aile l'église de l'Entrée au temple de la Très Sainte Mère de Dieu, où les services ont repris. En 2006, la restauration de la façade du temple et des fresques a commencé. En 2007, une nouvelle sous-station de transformation a été construite, et l'ancienne a été démontée. En 2008, les fenêtres du temple ont été remplacées, la maçonnerie en brique a été rénovée et les murs ont été peints. Pour la première fois depuis de nombreuses années, une cérémonie de mariage a eu lieu dans l'église de l'Entrée au temple de la Très Sainte Mère de Dieu. En septembre 2009, un Centre d'éducation complémentaire « Bogolep » a ouvert au monastère. Le 20 octobre 2009, l'archevêque Ion Karpukhin a consacré le temple monastique. À l'été 2010, la première tonsure en grande schime a eu lieu. Le schimonk Mitrophane est devenu le premier schimnik du diocèse. En janvier 2011, une exposition de photographies du hiéromoine Pierre Barbashov a eu lieu.

En 2011, 14 habitants résidaient au monastère, y compris l'higoumène, le supérieur, les hiéromoines, les hiérodéacons, les moines et les novices.

En 2012, le livre de L. G. Bukhtoyarova « Un chemin de trois siècles » a été publié, consacré au monastère. Il contient des matériaux historiques sur le monastère et sa vie contemporaine. En 2013, après de longues négociations, deux bâtiments de cellules ont été restitués au monastère, ce qui a permis de restaurer son intégrité historique. Depuis Pâques 2016, le temple est décoré d'un éclairage composé de 182 lampes. En 2018, 12 membres de la communauté vivaient au monastère, sans compter les novices.