В период с 1990 по 1992 годы в Астраханской области начали открываться церковные приходы, и был зарегистрирован приход церкви Христа Спасителя. В то время церковь находилась в старом здании из красного кирпича, которое совершенно не подходило для этих целей. На фронтоне здания была выложена надпись «1912 год». Церковь располагалась там до 2002 года, а сейчас в этом здании действует воскресная школа.

В 1995-1997 годах началось выделение средств на строительство нового храма. Первый камень был заложен в ноябре 1996 года, а завершение строительства состоялось в 2002 году. Святейший Патриарх всея Руси Алексий Второй подарил Красноярской церкви крест с дарственной надписью, который теперь хранится в алтаре храма. Освящение церкви 28 октября 2002 года провел Архиепископ Астраханский и Енотаевский Иона.