С 1999 года к монастырю приписана Введенская церковь, расположенная за его оградой. Построенная в 1780 году, она считается одной из самых красивых в городе и является памятником историко-культурного значения XVIII века федерального уровня.

Весной 1700 года из прихода Успенской церкви, где велось кораблестроение, в Акатовское предместье переселились посадские жители Григорий Кошкин, Захар Елисеев и Яков Аникеев. В октябре того же года они обратились к Петру I, находившемуся в Воронеже, за разрешением на вырубку леса для строительства церкви. Храм вскоре был построен и освящен епископом Митрофаном во имя Введения во храм Пресвятой Богородицы.

Внешний вид небольшой деревянной церкви неизвестен. Пожар 1748 года её не затронул. В 1770 году из-за ветхости и малой вместимости она была заменена каменной двухпрестольной. Уже 10 ноября 1771 года был освящен придел во имя святого Иоанна Воина.

Главный храм был полностью завершен к июню 1780 года. Позже, в середине XIX века, в трапезной появился еще один придельный алтарь во имя святителей Митрофана Воронежского и Тихона Задонского. Серьезных перестроек церковь не претерпела. В историческом описании, опубликованном в «Воронежской старине» в 1908 году, священник Николай Никонов подробно описал её внешний вид, указав даже размеры: купол имел высоту 27 аршин (19 метров).

Главы церкви и колокольни были покрыты золотом и украшены позолоченными крестами. Окрестности оглашали звоном девять колоколов, от 162-пудового (1,6 тонны) до 17-фунтового (7 кг). Упомянуты три особо почитаемые верующими иконы в серебряных окладах: икона Божией Матери «Всех скорбящих радости», иконы святых Сисиния Лаодикийского и Иоанна Воина. Среди редких вещей был потир с надписью: «1704 года ноября 15 дня во святую церковь ко Введению Пресвятыя Богородицы дал сии сосуды воронежец посадский человек Григорий Данилов сын Кошкин по своих родителях; весу в них во всех 371 золотник». Купец Аникеев пожертвовал храму Евангелие 1698 года издания.

При Введенской церкви с 1887 года существовало попечительство о малосостоятельных прихожанах, а с 1891 года, первая в епархии женская приходская школа с рукодельными классами. В ограде церкви издавна хоронили богатых купцов из окрестных семейств.

В этом храме были крещены великий русский писатель Иван Бунин и выдающийся художник Николай Ге, автор известных исторических и религиозных картин.

В начале 1920-х годов церковь добровольно рассталась с немногими ценностями, которые у неё были. Богослужебные предметы ушли в государственные закрома. Закрытие Введенского храма произошло в середине 1930-х годов. Первое время здание пустовало, а перед войной его заняла артель промысловой кооперации. В 1943 году, когда люди вернулись в полуразрушенный город, церковь использовали под жилье. Комнаты появились в алтаре и трапезной. Следующим хозяином храма стало городское ремонтно-строительное управление. В середине 1970-х годов, вспомнив о прежней красоте Введенской церкви, решили её восстановить и открыть археологический филиал Краеведческого музея. Десятилетняя реставрация ощутимых изменений в облике здания не произвела. В 1990 году Введенскую церковь вернули епархии в плачевном состоянии.

В 1994 году завершилось воссоздание внешнего облика здания, работу по прежнему проекту вели каменщики-реставраторы под руководством Игоря Бурова. Архитектурные детали были выделены цветом. Благоустроена и прилегающая территория, церковный двор вновь обрел ограду. Внутренняя отделка храма длилась еще пять лет. После длительной реставрации Введенская церковь была освящена 4 декабря 1999 года и приписана к Алексеево-Акатову монастырю.

В настоящее время Введенский храм находится на реставрации, проводится роспись храма.