Приход в поселке Верховье был основан в 1995 году. Для храма, посвященного Святой Троице, выделили здание бывшего радиолампового завода. Изначально службы проводились в этом приспособленном помещении площадью 150 кв.м.

В 1996 году, по благословению архиепископа Паисия и при согласовании с местными властями, было выделено место для строительства нового храма в пределах поселка Верховье и утвержден его проект.

В том же году был заложен фундамент церкви Святой Троицы. 10 июля 1997 года архиепископ Паисий освятил этот фундамент.

Строительство храма продолжалось 7 лет, финансировалось за счет прихожан, добровольных пожертвований районных организаций и частных предпринимателей.

В 2004 году в новом храме начались богослужения.

17 июля 2010 года храм был освящен архиепископом Пантелеймоном.