В 1998 году по просьбам студентов и преподавателей в Курском государственном педагогическом университете была создана православная община во имя Святых равноапостольных Мефодия и Кирилла. Было решено построить храм в честь этих святых в живописном дворике университета. Строительство планировалось как создание духовно-просветительского центра для молодежи города и области.

Инициатором строительства университетской церкви стал заслуженный скульптор РФ Вячеслав Клыков, который создал эскиз будущего храма.

24 мая 1998 года архиепископ Курский и Рыльский Ювеналий заложил камень на месте будущего храма. Проект был разработан архитекторами и конструкторами под руководством Валерия Михайлова.

На Вербное Воскресение в 1999 году настоятель освятил престол в домовой церкви, расположенной на первом этаже главного корпуса в аудитории № 36.

С 1999 по 2007 год велись строительные работы. В 2008 году к Пасхе Свято-Троицкое братство из города Щигры изготовило и установило великолепный иконостас. В тот же год, 24 мая, в праздник святых равноапостольных Мефодия и Кирилла, архиепископ Курский и Рыльский Герман совершил Великое освящение храма.