Лазаревская Горбачевская церковь расположена на окраине города, в районе, ранее известном как Верхний посад, который долгое время был крупнейшим христианским центром региона. Согласно летописи, в 1775 году был издан указ о выделении земли на Горбатом поле для нового кладбища и строительства церкви. Впоследствии кладбище и церковь стали называться Горбачевскими.

В 1777 году был возведен теплый храм, правый придел которого освятили во имя Димитрия Солунского. Первоначально новая кладбищенская церковь называлась Димитриевской. Левый придел был освящен во имя великомученика Феодора Стратилата. В 1790 году староста Матвей Федорович Колесов обратился к Вологодскому архиепископу Иринею с просьбой освятить церковь во имя Святого Лазаря Праведного 1 мая 1790 года. С этого момента церковь стала официально именоваться Лазаревской. Она была каменной, одноэтажной и соединялась с теплой церковью и колокольней. Холодная церковь имела одну главу, а теплую украшали две небольшие главы. Деревянные главы были покрыты листовым железом с коваными крестами. К церкви пристроили каменную восьмигранную колокольню с восьмью пролетами, завершавшуюся каменным шатром и главкой с кованым "осмиконечным" крестом. Позднее к основанию колокольни с северной и южной сторон пристроили палатки, где были похоронены купцы первой гильдии Колесовы, одни из богатейших жителей Вологды XVIII века. В середине XIX века церковь обветшала, и возникла необходимость в строительстве нового храма. Организацией перестройки с 1865 года занялся священник о. Иоанн Николаевич Анурьев.

В период становления Советской власти Лазаревская церковь на Горбачевском кладбище была одной из немногих вологодских церквей, избежавших закрытия. Однако в 1937 году церковь была закрыта по постановлению горсовета, но уже в 1938 году, уступая просьбам верующих, горсовет разрешил открыть Лазаревский храм, при котором была создана объединенная обновленческая община. Однако она вскоре распалась, и новая христианская община при Лазаревской церкви была основана только в 1945 году. Храм был открыт весной 1946 года, а его освящение провел епископ Вологодский и Череповецкий Иустин. В 1990-е годы, при настоятеле о. Владимире Иосифовиче Завальнюке, был проведен капитальный ремонт храма: перекрыта и покрашена крыша, укреплены кресты, деревянный пол заменен кафельным, обновлен иконостас и начато строительство церковного дома.

Лазаревская Горбачевская церковь славится своими христианскими памятниками и святынями, которые особо почитаемы верующими и превосходят многие другие храмы города, включая Рождество-Богородицкий кафедральный собор. Кроме христианских святынь, с церковью связана память о значимых для города реликвиях, таких как часовня Белоризцев, которая с XIX века была приписана к Лазаревской Горбачевской церкви.