Православный приход в селе Погребки был основан в 2003 году, а первое собрание прихожан прошло 17 апреля. В мае того же года, по благословению митрополита Курского и Рыльского Иувеналия, началось строительство храма, посвященного святому Архангелу Михаилу. Руководил проектом Анатолий Филатович Шевченко, а финансирование обеспечивалось коллективным сельским хозяйством ОАО «1 Мая». Проект церкви разработал член Союза архитекторов РФ В.А. Водяников. Первое богослужение, благодарственный молебен, состоялось 21 ноября 2003 года.

23 января 2004 года храм был освящен священниками Суджанского благочиния во главе с благочинным протоиереем Евгением Шестопаловым.

В июле 2006 года на территории прихода была построена и освящена водосвятная часовня в честь иконы Божьей Матери «Владимирская», проект которой разработала архитектор Елена Холодова.