Во время Великой Отечественной войны старый кирпичный Михайловский храм был полностью разрушен. 15 июля 2007 года архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн освятил закладной камень для нового храма, строительство которого продолжается и сейчас.

В 18 веке в селе Котово существовал деревянный храм, но информация о нем не сохранилась. Кирпичный храм во имя Архистратига Михаила был возведен в 1876 году мастером из Щигров, Алексеем Тихоновичем Коченовым, вместе с прихожанами.

Одноэтажный храм в центре села имел форму продолговатого корабля: длина 37,5 м, ширина 18 м, высота 37,5 м. Стены были выполнены из обожженного кирпича, связи железные. Гладкие стены украшены карнизами, крыша дуговая, покрыта железом. На сводах был фонарь с одной главой, покрытой белым железом, а крест был медным, четырехконечным и позолоченным. Окна продолговатые, с железными решетками. В храме имелись три двери, покрытые листовым железом, и паперть с трех сторон.

Внутри храм представлял собой квадратную палату, алтарь был отделен иконостасом, а своды стрельчатые опирались на стены. Престол и жертвенник были деревянными и простыми, как и трехъярусный иконостас с резными позолоченными колоннами. Царские врата были без украшений, а солея возвышалась на три ступени, отделенная деревянной решеткой.

Колокольня состояла из двух ярусов и была построена вместе с храмом. В ней находились четыре колокола: один отлит в 1874 году, остальные в 1832 году. При храме была деревянная сторожка, возведенная в 1880 году.

Настоятелем Котовского храма был отец Михаил Сотников. В 1930 году владыка священномученник Онуфрий рукоположил Василия Николаевича Емельянова в сан диакона для храма в селе Котово. Во время Великой Отечественной войны храм был разрушен.

15 июля 2007 года архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн освятил закладной камень на месте нового строительства. Пока идет возведение церкви, богослужения временно проводятся в отдельном помещении.