В Окладной книге «жилых данных церквей» Севской десятины в Комарицкой волости Чемлыжского стана села Бобрик с 1628 года упоминается храм, посвященный Архистратигу Божию Михаилу. В начале XVIII века здание обветшало и было отстроено заново, однако в 1719 году храм сгорел. В результате пожара были утрачены святые иконы, утварь и Святой Антиминс. В следующем году на том же месте возвели новый деревянный храм.

Существующий до сих пор деревянный храм был построен в 1779 году на средства прихожан и с тех пор не подвергался перестройкам и реконструкциям. В 1898 году в храме провели капитальный ремонт, обновив иконы и покрасив стены внутри. Среди особо почитаемых икон находился образ Божией Матери Скорбящей, перед которым часто проводились молебны по просьбе прихожан и жителей окрестных сел.

В XX веке, несмотря на гонения на Русскую Православную Церковь, храм не закрывался.