Храм святого благоверного князя Михаила Черниговского был возведен в 1913 году на средства, собранные состоятельными дачниками из Петербурга. Проект храма, выполненный в неорусском стиле, разработал придворный архитектор академик В. Покровский, и его утвердил император Николай II.

23 сентября 1913 года состоялся осмотр церкви-часовни, построенной под руководством архитектора С. Каллистратова, а 6 октября 1913 года епископ Сухумской епархии провел Великое освящение храма.

После революции 1917 года храм был закрыт. В его здании сначала разместился клуб, затем электроподстанция. После войны здание пустовало и постепенно разрушалось.

В 1992 году храм Михаила Черниговского в Геленджике был включен в список сохранившихся дореволюционных православных храмов в ходе инвентаризации объектов историко-культурного наследия. В 1995 году участок площадью 0,6 га с полуразрушенным зданием церкви передали Подворью Черниговского скита Свято-Троицкой Сергиевой Лавры.

Благодаря усилиям настоятеля Скита, архимандрита Феофилакта (Моисеева), ныне епископа Дмитровского, викария Патриарха Московского и всея Руси, началась реставрация храма. В ходе ремонтных работ храм был облицован красным кирпичом, что изменило первоначальный вид фасадов и пропорции шатра. Также был пристроен храмовый притвор. Внутри храма провели отделочные работы и установили фресочный иконостас, привезенный из Москвы. Иеромонах Варнава (Клюшин) начал регулярно проводить богослужения.

Подворье предоставляет отдых и реабилитацию в семейной обстановке для слепоглухонемых детей-сирот и инвалидов из Сергиево-Посадского детского дома.

В 2017 году Ольга Ковалик, по благословению настоятеля, подготовила книгу об истории храма. Ознакомиться с текстом книги можно по ссылке.