В 1883 году курский купец Дмитрий Сазонов завещал Свято-Троицкому монастырю 20 десятин земли, расположенных в 7 верстах от Курска. Это место, покрытое лесом и холмами, было тогда совершенно пустынным. Благодаря стараниям настоятельницы игумении Софии, в 1890 году здесь была построена каменная холодная церковь с колокольней в память о спасении императора Александра III и его семьи от опасности при крушении поезда 17 октября 1888 года на станции Борки Курско-Харьковско-Азовской железной дороги.

В 1901 году игумения София, заботясь о пожилых женщинах и сестрах, проживающих в скиту, которых стало 80 человек, обратилась к преосвященному Лаврентию с просьбой о строительстве теплой церкви. Получив разрешение, она начала строительство, и 25 сентября 1903 года церковь была торжественно освящена в память визита в Курск императора Николая Александровича во время маневров 1902 года.

После революции 1917 года скит князя Александра Невского постигла участь всех монастырей Русской Православной Церкви. 18 января 1925 года была создана комиссия, описавшая имущество и личные вещи монахинь. В кельи были заселены дачники из города, а монахини вынуждены были жить на чердаках. Монастырь стал последним закрытым в Курской губернии, но монахини продолжали молиться о его восстановлении.

25 августа 2002 года по инициативе настоятельницы Курского Свято-Троицкого женского монастыря монахини Серафимы (Коноваленко) и с благословения митрополита Ювеналия был отслужен молебен у развалин храма во имя святого князя Александра Невского, после чего состоялся крестный ход к источнику, освященному в его честь.

2 января 2003 года митрополит Курский и Рыльский Ювеналий направил монахиню Серафиму Коноваленко в Шуклинку для восстановления монастыря. Временный храм был организован в здании строящегося профилактория завода «Счетмаш». 28 сентября 2003 года началось строительство храма во имя святителя Николая Чудотворца. Восстановить храм на прежнем месте было невозможно из-за построенного профилактория.

1 августа 2004 года в недостроенном храме был отслужен первый молебен, и начались регулярные богослужения. В апреле 2005 года началось строительство трапезной. По инициативе Валентина Степановича Барышева был создан попечительский совет, в который вошли руководители Курской региональной организации партии «Единая Россия», возглавляемый депутатом Государственной Думы Валерием Рязанским.

14 августа 2007 года архиепископ Курский и Рыльский Герман отслужил молебен на начало восстановления храма во имя святого князя Александра Невского. Проект реставрации разработали специалисты под руководством архитектора Валерия Михайлова.

24 июня 2010 года на колокольне возрождающегося храма установили пять колоколов, пожертвованных Коштояном А.Д., и один колокол XIX века, пожертвованный Радиным О.М. В сентябре 2010 года из Волгодонска были привезены купола, изготовленные фирмой «Грант». 21 октября 2010 года после молебна, совершенного архиепископом Германом, купола с крестами были установлены. В апреле 2011 года, накануне Пасхи, на колокольне храма был установлен колокол весом 230 кг, пожертвованный Зинаидой Степановной Донченко. 19 июня 2012 года архиепископ Герман освятил престол восстановленного храма. В этот день депутат Государственной Думы РФ Александр Брыксин передал храму ковчег с частицей мощей святого князя Александра Невского, что стало высшей наградой для всех, кто участвовал в восстановлении храма.