En 1883, le marchand de Kouïsk Dmitri Sazonov a légué au monastère de la Sainte-Trinité 20 dessiatines de terre, situées à 7 verstes de Kouïsk. Cet endroit, couvert de forêts et de collines, était alors complètement désert. Grâce aux efforts de la supérieure, l'abbesse Sophie, une église en pierre froide avec un clocher a été construite ici en 1890 en mémoire du sauvetage de l'empereur Alexandre III et de sa famille du danger lors du déraillement d'un train le 17 octobre 1888 à la gare de Borki de la ligne de chemin de fer Kouïsk-Kharkov-Azov.

En 1901, l'abbesse Sophie, soucieuse des femmes âgées et des sœurs vivant dans le monastère, qui étaient devenues 80, s'est adressée à l'évêque Lavrenti avec une demande de construction d'une église chaude. Ayant obtenu la permission, elle a commencé la construction, et le 25 septembre 1903, l'église a été solennellement consacrée en mémoire de la visite à Kouïsk de l'empereur Nicolas Alexandrovitch lors des manœuvres de 1902.

Après la révolution de 1917, le monastère du prince Alexandre Nevski a subi le sort de tous les monastères de l'Église orthodoxe russe. Le 18 janvier 1925, une commission a été créée pour inventorier les biens et les effets personnels des religieuses. Les cellules ont été occupées par des vacanciers de la ville, et les religieuses ont été contraintes de vivre dans les greniers. Le monastère est devenu le dernier à être fermé dans la province de Kouïsk, mais les religieuses ont continué à prier pour sa restauration.

Le 25 août 2002, à l'initiative de la supérieure du monastère féminin de la Sainte-Trinité de Kouïsk, la religieuse Séraphima (Konovaleko), et avec la bénédiction de l'archevêque Juvenal, un service a été célébré sur les ruines de l'église au nom du saint prince Alexandre Nevski, après quoi une procession a eu lieu vers la source consacrée en son honneur.

Le 2 janvier 2003, l'archevêque de Kouïsk et Rylsk Juvenal a envoyé la religieuse Séraphima Konovaleko à Chouklinka pour restaurer le monastère. Une église temporaire a été organisée dans le bâtiment d'un sanatorium en construction de l'usine « Schiotmach ». Le 28 septembre 2003, la construction de l'église au nom de saint Nicolas le Miracle-Faire a commencé. Il était impossible de restaurer l'église à son ancien emplacement en raison du sanatorium construit.

Le 1er août 2004, le premier service a été célébré dans l'église inachevée, et des services réguliers ont commencé. En avril 2005, la construction de la salle à manger a commencé. À l'initiative de Valentin Stepanovitch Barychev, un conseil de bienfaisance a été créé, comprenant les dirigeants de l'organisation régionale de Kouïsk du parti « Russie unie », dirigé par le député de la Douma d'État Valery Ryazansky.

Le 14 août 2007, l'archevêque de Kouïsk et Rylsk Herman a célébré un service pour le début de la restauration de l'église au nom du saint prince Alexandre Nevski. Le projet de restauration a été élaboré par des spécialistes sous la direction de l'architecte Valery Mikhaïlov.

Le 24 juin 2010, cinq cloches, offertes par Kostoyan A.D., et une cloche du XIXe siècle, offerte par Radin O.M., ont été installées sur le clocher de l'église renaissante. En septembre 2010, des coupoles fabriquées par la société « Grant » ont été amenées de Volgodonsk. Le 21 octobre 2010, après un service célébré par l'archevêque Herman, les coupoles avec des croix ont été installées. En avril 2011, à la veille de Pâques, une cloche pesant 230 kg, offerte par Zinaïda Stepanovna Donchenko, a été installée sur le clocher de l'église. Le 19 juin 2012, l'archevêque Herman a consacré l'autel de l'église restaurée. Ce jour-là, le député de la Douma d'État de la Fédération de Russie Alexandre Bryksin a remis à l'église une châsse contenant une parcelle des reliques du saint prince Alexandre Nevski, ce qui est devenu la plus haute récompense pour tous ceux qui ont participé à la restauration de l'église.