Храм святителя Николая в селе Нижние Пены был возведен в 1867 году и прошел реставрацию в 2011-2013 годах в честь 100-летия канонизации святителя Иоасафа, епископа Белгородского чудотворца.

В 1930-е годы Никольская церковь в селе Нижние Пены подверглась частичному разрушению: пострадали купол и колокольня. На протяжении долгого времени здание использовалось как зернохранилище, а позже было переоборудовано в сельский Дом культуры.

С августа 2001 года в селе Нижние Пены функционирует православный приход Святителя Николая.

3 августа 2013 года митрополит Белгородский и Старооскольский Иоанн вместе с епископом Губкинским и Грайворонским Софронием провели чин освящения восстановленного Свято-Никольского храма в селе Нижние Пены Ракитянского района и отслужили в нем Божественную литургию.

В храме хранится частица мощей хозевитских мучеников, которые подвизались в обители святого Саввы и были убиты сарацинами в VIII веке. Эта святыня была привезена из Иерусалима.