Церковь Николая Чудотворца расположена на возвышающейся береговой террасе над долиной реки Неполодь, где в нее впадала высохшая речка Мерин. Первое упоминание о деревне Боканова встречается в писцовой книге Орловского уезда за 1678 год, составленной Ефимом Марковичем Норовым и подьячим Савиным Репьевым.

В то время деревня принадлежала князю Ивану Степановичу Хотетовскому, который имел там свой вотчинный двор. Иван Степанович был фаворитом царевны Софьи Алексеевны и смог сохранить свое положение при Петре I. Его сын служил стольником при Петре I и откупался от службы во флоте денежными взносами.

Первое упоминание о деревянной Никольской церкви датируется 1734 годом, она также упоминается в документах 1755 и 1793 годов. В 1802, 1807, 1854, 1872, 1885 и 1897 годах церковь ремонтировалась. В 1861 году, когда Бакланово стало волостным центром и одним из самых населенных сел Орловского уезда, прихожане решили построить более просторную каменную церковь. В 1897 году был создан строительный комитет во главе со священником Митрофаном Пановым, и 12 сентября 1899 года состоялась закладка нового храма на более высоком месте на противоположном берегу реки Неполодь.

До наших дней сохранились имена некоторых строителей храма: кирпичный мастер Мариничев, плотники Горлин, Мишин, Шинарев, Иван Старцев, иконостасный мастер Гончаренко и другие. Строительные работы вел подрядчик Леваков с десятниками Ширковым и Чекрыгиным и их артелями. Архитектурный надзор осуществляли архитектор Пухальский при закладке фундамента и епархиальный архитектор Вильфорт на последующих этапах. Строительство велось на местные средства и пожертвования, крестьяне участвовали в строительстве, выполняя гужевые и поденные работы.

4 января 1909 года однопрестольный храм во имя Святого Николая Чудотворца был освящен. Трехъярусную колокольню в 1910 году довели лишь до середины второго яруса, и она осталась незавершенной. Ее заменяла деревянная звонница на столбах, расположенная рядом с храмом.

Службы в старой деревянной Никольской церкви прекратились в 1909 году. 12 апреля 1921 года иконостас был разобран и перевезен в село Серенск Волховского уезда, часть икон передали в новый Никольский храм. В том же году церковь осмотрел заведующий Орловским губмузеем П. С. Ткачевский, сделавший несколько зарисовок, после чего ее разобрали для строительства школы, а сохранившиеся царские врата XVIII века передали в губмузей, но они не сохранились.

Каменный Никольский храм был закрыт в 1940 году, после чего утратил верхний недостроенный ярус колокольни и все свои главы, кроме центральной. В 1991 году церковь была передана общине верующих, а после восстановления с осени 1995 года вновь стала действующей.