Район Богородское получил свое название от небольшого села, которое до середины XIX века находилось на левом берегу реки Яузы. История села восходит к XIV веку, когда оно называлось Алымово, однако точные данные о владельцах тех земель отсутствуют. Известно, что в 1568 году селение передали Чудову монастырю, и оно оставалось в его владении до 1764 года, когда было секуляризовано и перешло под управление Коллегии экономии. Важный момент в истории Богородского произошел во второй половине XIX века, когда местные крестьяне первыми в Подмосковье выплатили выкупные платежи и продали большинство своих земель. Некоторые из них переехали в другие места, а другие остались и работали у новых владельцев. На месте села началось активное строительство дач, и к 1880 году в районе было около 200 новых домов. Здесь отдыхали многие представители интеллигенции, такие как художник И.И. Шишкин и композиторы П.И. Чайковский, М.А. Балакирев и А.П. Бородин. Вокруг дач развивалась инфраструктура: открывались продовольственные лавки, ресторан и летний театр.

В то же время в районе появлялись различные предприятия, в основном текстильные и красильные. Первым крупным предприятием стала резиновая мануфактура, построенная в 1888 году и преобразованная в 1910 году в акционерное общество "Богатырь", позже известное как "Красный богатырь".

Богородское окончательно вошло в состав города в 1902 году. Тогда начали строить первые каменные дома и провели трамвайную линию. К 1917 году граница района проходила по современному бульвару Рокоссовского. Главной улицей была Большая Богородская, возникшая на месте сельского тракта. В 1880 году рядом с ней освятили деревянную церковь Спаса Преображения, строительство которой инициировали местные жители. Проект разработал архитектор Н.А. Ипатьев. Первоначально церковь была приписана к селу Черкизово, но с ростом населения она получила самостоятельность, и появились планы ее расширения. В 1896 году по проекту архитектора Ф.П. Скоморошенко к храму пристроили деревянную галерею с двумя приделами. Напротив храма построили здание церковно-приходского училища.

Храм выполнен в "неорусском" стиле, вдохновленном древнерусским зодчеством и народным искусством. Деревянное здание церкви оштукатурено и окрашено в розовый цвет. В композиции доминируют две вертикали: завершение главного храма и двухъярусная колокольня. Основной объем завершен восьмигранным шатром и световым барабаном с золоченной луковичной главой и крестом. Ярус звона имеет шатровую кровлю, над которой возвышается четырехгранный барабан с главкой и крестом. Окна и фасады украшены деревянной резьбой.

Священнослужителей Спасской церкви хоронили на Богородском кладбище, и некоторые могилы сохранились. В начале XX века на месте деревянной часовни была построена каменная в неорусском стиле, являющаяся памятником истории и культуры.

Церковь не закрывали в советское время, хотя ее территория была сокращена. В 1954 году храм пострадал от пожара, уничтожившего много живописи и иконостасов. Восстановление началось под руководством архитектора Е.А. Черникова, а ремонтно-реставрационные работы проводились также в начале 1990-х годов.