Храм Рождества Пресвятой Богородицы в селе Долгие Буды был построен из камня местными мастерами по проекту иностранных архитекторов за 17 лет и завершен в 1897 году, когда были установлены кресты и колокола.

Первое упоминание о церкви в слободе Долгие Буды относится к 1782 году, когда в ревизской сказке упоминается священник Знаменской церкви Григорий Павлович Досичев. Точная дата постройки Рождество-Богородицкой церкви неизвестна, но метрические книги Знаменской церкви за 1844 год и Богородичной за 1876 год позволяют предположить, что она была возведена в этот период.

В справочнике о церквах Курской епархии за 1890 год указана Рождество-Богородицкая церковь в селе Долгие Буды, где проживали 833 мужчины и 802 женщины. К 1903 году в селе насчитывалось 277 крестьянских и 3 некрестьянских двора с населением 955 мужчин и 951 женщины.

В 1897 году была построена трехпрестольная каменная церковь, которой принадлежали 1 десятина усадебной, 30 десятин полевой и 2 десятины сенокосной земли. В приходе действовала земская школа, а с 1890 по 1908 годы священником служил Михаил Николаевич Золотарев.

После принятия в 1918 году декрета об отделении церкви от государства, храм продолжал функционировать на основании договора с волисполкомом. В 1922 году из храма изъяли 11 предметов общим весом 10 фунтов 76 золотников. С 1932 года здание использовалось как зернохранилище, но до 1937 года числилось действующим.

Данные о закрытии церкви в предвоенные годы отсутствуют. Во время Великой Отечественной войны с 22 мая 1943 года религиозная община возобновила деятельность и ходатайствовала о регистрации. В 1946 году был подписан договор о передаче здания церкви религиозному обществу. С 1951 по 1953 годы здание вновь использовалось как зернохранилище, но позже церковь снова стала действующей.

В конце 1960-х годов богослужения прекратились. В 1972 году было сообщено, что за последние шесть лет никто не обращался по поводу возобновления службы, и православное религиозное общество было снято с регистрации. Здание церкви передали райисполкому.

В 1970-х и 1980-х годах храм не числился среди действующих. В 1990 году был зарегистрирован Православный приход Рождество-Богородицкой церкви Курской епархии. В 1997 году зарегистрирована религиозная организация Православный храм Рождества Пресвятой Богородицы. В 1998 году церковь была признана памятником архитектуры регионального значения.