В Троицкой церкви, первом храме Шамординской обители, перед чудотворным образом Пресвятой Богородицы молился основатель монастыря, старец Амвросий.

До 1889 года церковь располагалась на месте нынешнего Казанского собора. Когда закладывали фундамент собора, по благословению преподобного Амвросия, старый храм перенесли на монастырское кладбище и 5 июля 1890 года освятили во имя Пресвятой Троицы. В церкви был одноярусный деревянный иконостас, украшенный белым с позолотой. 15/28 октября 1891 года здесь отпевали старца Амвросия. В правой части храма, по просьбе настоятельницы монахини Евфросинии, 24 января 1892 года был освящен придел в честь Божией Матери Живоносного Источника с деревянным резным двухъярусным иконостасом. На протяжении восемнадцати лет этот храм оставался единственным в обители, пока в 1902 году не был освящен Казанский собор. После закрытия монастыря Троицкая церковь была полностью разрушена.

Надеясь на Божью помощь, всегда стремились восстановить этот исторически значимый для монастыря храм. 28 июля 2006 года был отслужен молебен, и начались работы по восстановлению. К осени 2008 года храм был возведен под купол, и 17 октября на него установили кресты. 25 мая 2018 года, по благословению Святейшего Патриарха Кирилла, клирики обители провели малое освящение храма.

Тем не менее, впереди еще много отделочных работ. Внутреннее убранство этой церкви, как и других храмов монастыря, планируется создавать в собственных мастерских.

За храмом находится старое монастырское кладбище, где покоятся несколько поколений шамординских сестер.