Надвратный храм, посвященный Преподобным Антонию и Феодосию Киево-Печерским, был построен у входа в пещеры в период с 1997 по 1999 год. Он выполнен в стиле псковско-новгородского зодчества и представляет собой одноглавый одноапсидный четверик с пощипцовым завершением фасадов.

В 1996 году на территории древнего Холковского монастыря епископом Белгородским и Старооскольским Иоанном, который ныне является архиепископом, были освящены три закладных камня для строительства двух храмов и часовни.

Сначала у входа в пещеры был возведен надвратный храм во имя Преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских, а затем построена Владимирская часовня.

В декабре 1999 года архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн освятил монастырский храм, посвященный Донской иконе Божией Матери. На заседании Священного Синода Русской Православной Церкви, состоявшемся 28 декабря 1999 года, было благословлено открытие Свято-Троицкого Холковского мужского монастыря.