В марте 2001 года художники, проживающие на Верхней Масловке в Городке художников, по инициативе Народного художника России А.П. Горского обратились к Патриарху Московскому и Всея Руси Алексию II с просьбой благословить строительство храма в честь преподобного Андрея Рублева на участке земли рядом с их домами.

В 2002 году благословение было получено, а в 2003 году протоиерей Дмитрий Смирнов провел молебен на выбранном месте, где также установили памятный камень, символизирующий намерение построить храм в честь знаменитого иконописца.

В то время район был застроен в основном деревянными домами, которые постепенно заменялись каменными многоэтажками. Дом, стоявший на месте будущего храма, был снесен, а пустырь, заросший бурьяном и американскими кленами, в 1989-1995 годах был включен в Природный комплекс Москвы и стал охраняемой территорией, запрещенной для застройки. Департамент природопользования и охраны окружающей среды не давал разрешения на строительство.

В 2010 году состоялось собрание жителей района с участием священников, представителей Префектуры САО, Управы района Аэропорт и журналистов. Было подготовлено обращение к властям с просьбой разрешить строительство, под которым подписались 3 тысячи человек. Представитель Префектуры объявил, что Правительство Москвы разрешило строительство храмов в пределах Природных комплексов. В марте 2011 года удалось убедить Департамент природопользования и охраны окружающей среды, что участок не имеет экологической ценности и подходит для строительства храма.

Основное препятствие было преодолено. В 2012-2014 годах велась необходимая работа по оформлению документов для получения разрешения на строительство.

В это время в мастерской архитектора О.А. Баранниковой разрабатывался архитектурный проект храма и проектная документация.

В 2015 году проект был утвержден ООО "Мосэксперт", оформлены все необходимые документы и получено разрешение от Госстройнадзора.

Оставалось решить вопрос с финансированием. Строительство по программе «200 храмов» осуществляется исключительно на благотворительные пожертвования. Будущим прихожанам предстояло собрать средства. Был создан Художественный фонд из картин, пожертвованных художниками для продажи в пользу храма. Организации и частные лица жертвовали деньги, но их не хватало. В итоге решили построить временный деревянный храм.

Строительство началось в январе 2016 года. 17 июля 2016 года, в день памяти преподобного Андрея Рублева, в цокольном этаже храма прошла первая Божественная Литургия.