Церковь начала строиться в конце 1980-х годов под руководством архимандрита Георгия (Саввы) как новый приходской храм города и была завершена в 1991 году. В 1992 году при храме основали мужской монастырь. Здание церкви имеет прямоугольную форму, увенчано куполом и двухъярусной шатровой колокольней.

В Свято-Духовом мужском монастыре сейчас проживают 80 братьев, которые выполняют различные послушания и работы в обители. Здесь работают столярные, плотницкие, слесарные и свечные мастерские. В монастыре Краснодарского края хранятся почитаемые святыни: иконы Божией Матери «Неопалимая Купина» и «Владимирская», а также икона святого великомученика и целителя Пантелеймона.