История современного Свято-Покровского храма до конца не изучена. В 1792 году Екатерина II издала указ о переселении запорожцев из Сечи на Тамань, Кубань и юго-восточный берег Азовского моря до города Ейска. 25 августа 1792 года запорожская флотилия высадилась в Тамани. По прибытии был совершен молебен, о чем полковник Савва Белый сообщил войсковому судье А.А. Головатому 12 сентября 1792 года. Казаки почитали икону "Покрова Пресвятой Богородицы" как свою покровительницу и всегда возили ее с собой. Главной целью для них было построить церковь и посвятить ее "Покрову Пресвятой Богородицы". Вскоре после высадки, одновременно с обустройством, казаки начали возведение храма. Однако из-за нехватки средств и малочисленности они не могли осуществить строительство, и тогда А.А. Головатый взял на себя организацию духовной жизни таманцев. В архивных документах сохранилось прошение Головатого епископу Феодосийскому и Мариупольскому Иову о постройке церкви от 1 июля 1794 года. До официального прошения Головатый сам выбрал место для храма, используя материалы от разрушенных сооружений в Тамани. Возможно, тогда и появилась идея построить каменный храм на существующем фундаменте. Казакам понравилось это место сразу после высадки. Некоторые старожилы утверждали, что фундамент был основанием турецкой мечети, другие считали его резиденцией турецкого паши, а многие полагали, что это была христианская постройка. При реставрации храма в 1911 году действительно обнаружили, что древний фундамент не соответствовал построенному на нем зданию.

Старший адъютант войскового штаба Орлов в своей книге об открытии памятника запорожцам в Тамани в 1911 году писал: "Запорожцы, высадившись и осмотревшись, обратили внимание на четырехугольное здание с дорической колоннадой. Оно было безлюдным, но хорошо сохранившимся от греческих поселений. Его легко можно было приспособить под церковь, что и было сделано. Уже в 1794 году церковь была готова и освящена во имя "Покрова Пресвятой Богородицы". Вместо купола у церкви был фонарь с крестом. Внутри она представляла собой высокую и просторную комнату с дугообразным потолком". Возможно, это было то самое строение, о котором писал Кларк. Найденный древний фундамент в 1911 году подтверждает, что греки также использовали этот мощный фундамент для своего строительства. Возможно, это были храмовые постройки Тмутаракани. Быстрое завершение строительства привлекает внимание, ведь дата его окончания на мраморной плите храма, установленной после реставрации 1911 года, указывает на 1793 год, а прошение было подано Головатым в 1794 году. Вероятно, греческая постройка была приспособлена под храм в 1793 году и освящена. Строительство, скорее всего, было осуществлено на месте Мстиславского храма "Пресвятой Богородицы". Таким образом, церковь оказалась практически вне станицы, в неудобном для жителей месте, так как расселение пошло в другую сторону, оставив храм на окраине.

Храм был окружен высокой каменной оградой, которая сохранялась до Великой Отечественной войны. Она имела бойницы для ружей и двое ворот: на север и запад. В этой надежной цитадели можно было укрыться в случае опасности. Прихожане заботились о церкви, приносили подношения не только деньгами, но и ценными вещами, священными сосудами, книгами, церковной утварью. Головатый, на чьи средства в основном была построена церковь, пожертвовал серебряные блюда, кадило и ценную дарохранительницу работы полкового есаула К. Чижевского. Священник Демешко привез с собой в храм старинные книги "Библия" и "Литургион" 1691 года издания. Храм Покрова Пресвятой Богородицы стал не только символом православной веры, но и культурным центром переселенцев. Головатый стремился сохранить культурное наследие древности. По его решению вокруг храма были построены деревянные столбы с навесом, под который свозили обнаруженные древности в Тамани и на Таманском полуострове. Это спасало находки от расхищения и уничтожения. Важность найденного Тмутараканского камня, свидетельствовавшего о местонахождении княжества, была подчеркнута намерением Головатого построить в воротах церкви колокольню и положить при ней Тмутараканский мраморный камень деяний князя Глеба. В Свято-Покровской церкви 28 марта 1807 года установили два камня с ликами святых.

Однако храм в первозданном виде не сохранился. Он был разрушен в 1855 году французами, когда их эскадра подошла к Керчи. Через пять лет казаки восстановили храм на том же месте. Урядник Федор Чепиль в 1865 году на свои средства построил в церковном дворе каменную звонницу, напоминавшую сторожевую казачью вышку. На колокольне разместили шесть колоколов, самый большой из которых весил 200 пудов. Православные службы продолжались до 1910 года, после чего было решено восстановить и отреставрировать храм в его первозданном виде. Первого октября 1911 года храм Покрова Пресвятой Богородицы освятили повторно.

В Свято-Покровский храм приезжали Пушкин с Раевским, Суворов слушал колокольный звон, а Лермонтов ставил свечу перед отъездом на войну. В 1850-х годах здесь два месяца служил настоятелем святитель Кавказский Игнатий Брянчанинов. Архивные данные свидетельствуют, что в Покровском храме в XIX и начале XX века хранились культурно-исторические памятники древности, найденные на Тамани, судьба многих из которых осталась неизвестной.

В настоящее время в храме хранятся мощи святого Николая Мирликийского, переданные из итальянского города Бари, святого Никона Печерского, подвижника и летописца, прожившего на землях Тамани, и святителя Игнатия Брянчанинова. В алтаре находится 250-летняя икона с изображением Иисуса Христа, подаренная казакам, по преданиям, Екатериной II. А икона блаженной Ксении Петербуржской в этом храме мироточит с 20 августа 2005 года. Храм Покрова Пресвятой Богородицы является самым старым на Кубани и особо почитаем казаками и православными жителями края.