La historia del moderno templo de la Santísima Protección no está completamente estudiada. En 1792, Catalina II emitió un decreto para el reasentamiento de los cosacos zaporogos de la Sitch a Tamán, Kubán y la costa sureste del mar de Azov hasta la ciudad de Yeisk. El 25 de agosto de 1792, la flota zaporoga desembarcó en Tamán. A su llegada, se realizó un servicio de oración, del cual el coronel Savva Bely informó al juez militar A.A. Golovaty el 12 de septiembre de 1792. Los cosacos veneraban el ícono de la "Protección de la Santísima Virgen" como su patrona y siempre lo llevaban consigo. Su principal objetivo era construir una iglesia y dedicarla a la "Protección de la Santísima Virgen". Poco después del desembarco, al mismo tiempo que se organizaban, los cosacos comenzaron la construcción del templo. Sin embargo, debido a la falta de fondos y a su escaso número, no pudieron llevar a cabo la construcción, y entonces A.A. Golovaty asumió la organización de la vida espiritual de los tamenses. En documentos de archivo se conserva una solicitud de Golovaty al obispo de Feodosia y Mariupol, Iov, sobre la construcción de la iglesia, fechada el 1 de julio de 1794. Antes de la solicitud oficial, Golovaty eligió el lugar para el templo, utilizando materiales de las estructuras destruidas en Tamán. Es posible que entonces surgiera la idea de construir un templo de piedra sobre el cimiento existente. A los cosacos les gustó este lugar inmediatamente después del desembarco. Algunos ancianos afirmaban que el cimiento era la base de una mezquita turca, otros creían que era la residencia de un pasha turco, y muchos pensaban que era una construcción cristiana. Durante la restauración del templo en 1911, se descubrió que el antiguo cimiento no correspondía al edificio construido sobre él.

El asistente mayor del estado mayor militar Orlov, en su libro sobre la inauguración del monumento a los zaporogos en Tamán en 1911, escribió: "Los zaporogos, tras desembarcar y observar, notaron un edificio cuadrado con una columnata dórica. Estaba deshabitado, pero bien conservado de los asentamientos griegos. Se podía adaptar fácilmente como iglesia, lo cual se hizo. Ya en 1794, la iglesia estaba lista y fue consagrada en nombre de la 'Protección de la Santísima Virgen'. En lugar de cúpula, la iglesia tenía un faro con una cruz. En su interior, era una sala alta y espaciosa con un techo arqueado". Es posible que esta fuera la misma construcción de la que hablaba Clark. El antiguo cimiento encontrado en 1911 confirma que los griegos también utilizaron este poderoso cimiento para su construcción. Es posible que fueran construcciones templarias de Tmutarakán. La rápida finalización de la construcción llama la atención, ya que la fecha de su finalización en la placa de mármol del templo, instalada después de la restauración de 1911, indica 1793, mientras que la solicitud fue presentada por Golovaty en 1794. Probablemente, la construcción griega fue adaptada como templo en 1793 y consagrada. La construcción, probablemente, se llevó a cabo en el lugar del templo de Mstislav de la "Santísima Virgen". Así, la iglesia se encontró prácticamente fuera de la stanitsa, en un lugar inconveniente para los habitantes, ya que el asentamiento se dirigió en otra dirección, dejando el templo en la periferia.

El templo estaba rodeado por un alto muro de piedra que se mantuvo hasta la Gran Guerra Patriótica. Tenía troneras para rifles y dos puertas: al norte y al oeste. En esta sólida fortaleza se podía refugiar en caso de peligro. Los feligreses cuidaban de la iglesia, traían ofrendas no solo en dinero, sino también en objetos valiosos, vasos sagrados, libros y utensilios de iglesia. Golovaty, cuyos fondos fueron principalmente utilizados para construir la iglesia, donó platos de plata, un incensario y un valioso relicario hecho por el ataman del regimiento K. Chizhevski. El sacerdote Demeshko trajo consigo al templo antiguos libros "Biblia" y "Liturgión" de 1691. El templo de la Protección de la Santísima Virgen se convirtió no solo en un símbolo de la fe ortodoxa, sino también en un centro cultural para los colonos. Golovaty se esforzó por preservar el patrimonio cultural de la antigüedad. Por su decisión, se construyeron postes de madera con un toldo alrededor del templo, bajo el cual se traían antigüedades encontradas en Tamán y en la península de Tamán. Esto salvó los hallazgos del saqueo y la destrucción. La importancia de la piedra de Tmutarakán, que atestiguaba la ubicación del principado, fue subrayada por la intención de Golovaty de construir un campanario en las puertas de la iglesia y colocar junto a él la piedra de mármol de Tmutarakán de las hazañas del príncipe Gleb. En la iglesia de la Santísima Protección, el 28 de marzo de 1807, se instalaron dos piedras con imágenes de santos.

Sin embargo, el templo en su forma original no se ha conservado. Fue destruido en 1855 por los franceses, cuando su escuadra se acercó a Kerch. Cinco años después, los cosacos restauraron el templo en el mismo lugar. El funcionario Fedor Chepil construyó en 1865, con sus propios fondos, un campanario de piedra en el patio de la iglesia, que recordaba a una torre de vigilancia cosaca. En el campanario se colocaron seis campanas, la más grande de las cuales pesaba 200 puds. Los servicios ortodoxos continuaron hasta 1910, después de lo cual se decidió restaurar y rehabilitar el templo en su forma original. El primero de octubre de 1911, el templo de la Protección de la Santísima Virgen fue nuevamente consagrado.

En el templo de la Santísima Protección llegaron Pushkin con Raevsky, Suvorov escuchó el sonido de las campanas, y Lermontov encendió una vela antes de partir a la guerra. En la década de 1850, aquí sirvió como rector el santo del Cáucaso, Ignacio Bryanchaninov, durante dos meses. Los datos de archivo indican que en el templo de la Protección, en el siglo XIX y principios del XX, se almacenaron monumentos culturales e históricos de la antigüedad, muchos de los cuales han quedado desconocidos.

En la actualidad, el templo alberga las reliquias de San Nicolás de Mira, entregadas desde la ciudad italiana de Bari, de San Nikon de las Cuevas, un asceta y cronista que vivió en las tierras de Tamán, y del santo Ignacio Bryanchaninov. En el altar se encuentra un ícono de 250 años con la imagen de Jesucristo, que, según las tradiciones, fue donado a los cosacos por Catalina II. Y el ícono de la beata Ksenia de San Petersburgo ha estado destilando mirra en este templo desde el 20 de agosto de 2005. El templo de la Protección de la Santísima Virgen es el más antiguo en Kubán y es especialmente venerado por los cosacos y los habitantes ortodoxos de la región.