Первой церковью в Ейске стал храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Ейский священник Максим Прозоровский описывал его историю так: первым религиозным сооружением в Ейске был молитвенный дом, посвященный Покрову Пресвятой Богородицы. В середине 1849 года жители города обратились к Преосвященному Кавказскому Иеремею с просьбой разрешить строительство этого дома по приложенному плану и фасаду. План был подписан начальником города князем Голицыным и архитектором Жуковским, а сверху имел резолюцию Иеремея. В августе того же года Преосвященный благословил строительство.

Жители Ейска, получив благословение, 1 сентября 1849 года освятили место на одной из площадей Греческой улицы и начали строительство. Здание было скромным и не отличалось ни величием, ни красотой, напоминая дом восточного стиля. Его размеры составляли 18 аршин в длину и 14 в ширину, с соответствующей высотой. Покрытый тесом и окруженный навесами, дом был построен быстро и освящен 1 октября 1850 года. Это было деревянное здание без колокольни и окраски, с одним престолом в честь Покрова Пресвятой Богородицы.

В 1858 году, после строительства временного Михаило-Архангельского собора, Покровский храм стал приписным к нему, и его история на время прервалась. В 1864 году, по распоряжению Епископа Кавказского Феофилакта, храм был переименован в приходскую церковь с отдельным приходом и причтом.

В последующие годы (1865 и 1866) жизнь прихода была спокойной. Однако 7 апреля 1876 года деревянная Покровская церковь сгорела из-за неосторожного обращения с огнем.

Жители Ейска обратились к Городскому Голове с просьбой временно использовать старое деревянное здание Михаило-Архангельской церкви для молитв. Также был предложен новый проект Покровской церкви, строительство которой оценивалось в 100 000 рублей. Городская Дума решила перенести деревянное здание Михаило-Архангельской церкви на Покровскую площадь до завершения строительства новой церкви. В 1876 году была построена деревянная Покровская церковь на каменном фундаменте и освящена в том же году.

В 1907 году на месте старой церкви была возведена новая, названная Старо-Покровской, так как в городе уже существовала Ново-Покровская церковь, построенная в 1890 году. Пятиглавая Старо-Покровская церковь стала украшением города. Она была каменной и покрытой железом. Рядом с ней находилось кирпичное здание церковно-приходской школы, также покрытое железом, а также небольшой домик для сторожей и деревянный сарай.