Die erste Kirche in Eisk war die Kirche zu Ehren der Schutzherrschaft der Heiligen Gottesmutter. Der Eisker Priester Maxim Prozorowski beschrieb ihre Geschichte so: Das erste religiöse Gebäude in Eisk war ein Gebetshaus, das der Schutzherrschaft der Heiligen Gottesmutter gewidmet war. Mitte 1849 wandten sich die Einwohner der Stadt an den Hochwürdigsten Kaukasischen Hieremias mit der Bitte, den Bau dieses Hauses nach dem beigefügten Plan und der Fassade zu genehmigen. Der Plan wurde vom Stadtoberhaupt Fürst Golizyn und dem Architekten Schukowski unterzeichnet und hatte oben die Resolution Hieremias. Im August desselben Jahres segnete der Hochwürdigste den Bau.

Die Einwohner von Eisk, die den Segen erhalten hatten, weihten am 1. September 1849 den Platz auf einem der Plätze der Griechischen Straße und begannen mit dem Bau. Das Gebäude war bescheiden und zeichnete sich weder durch Größe noch Schönheit aus, es erinnerte an ein Haus im orientalischen Stil. Seine Maße betrugen 18 Arschin in der Länge und 14 in der Breite, mit entsprechender Höhe. Das mit Schindeln gedeckte und von Überdachungen umgebene Haus wurde schnell gebaut und am 1. Oktober 1850 geweiht. Es war ein Holzgebäude ohne Glockenturm und Farbe, mit einem Altar zu Ehren der Schutzherrschaft der Heiligen Gottesmutter.

Im Jahr 1858, nach dem Bau der provisorischen Michael-Archangel-Kathedrale, wurde die Schutzherrschaftskirche ihr zugeordnet, und ihre Geschichte wurde vorübergehend unterbrochen. Im Jahr 1864 wurde die Kirche auf Anordnung des Bischofs von Kaukasien Theophilakt in eine Pfarrkirche mit eigener Gemeinde und Klerus umbenannt.

In den folgenden Jahren (1865 und 1866) war das Leben der Gemeinde ruhig. Doch am 7. April 1876 brannte die hölzerne Schutzherrschaftskirche aufgrund unsachgemäßen Umgangs mit Feuer nieder.

Die Einwohner von Eisk wandten sich an den Stadtoberhaupt mit der Bitte, das alte Holzgebäude der Michael-Archangel-Kirche vorübergehend für Gebete zu nutzen. Es wurde auch ein neuer Entwurf für die Schutzherrschaftskirche vorgeschlagen, dessen Bau auf 100.000 Rubel geschätzt wurde. Die Stadtverordneten beschlossen, das Holzgebäude der Michael-Archangel-Kirche auf den Schutzherrschaftsplatz zu verlegen, bis der Bau der neuen Kirche abgeschlossen war. Im Jahr 1876 wurde die hölzerne Schutzherrschaftskirche auf einem steinernen Fundament erbaut und im selben Jahr geweiht.

Im Jahr 1907 wurde an der Stelle der alten Kirche eine neue errichtet, die Alte Schutzherrschaftskirche genannt wurde, da es in der Stadt bereits die Neue Schutzherrschaftskirche gab, die 1890 erbaut worden war. Die fünfkuppelige Alte Schutzherrschaftskirche wurde zu einer Zierde der Stadt. Sie war aus Stein und mit Eisen gedeckt. Neben ihr befand sich ein Backsteingebäude der kirchlichen Schule, ebenfalls mit Eisen gedeckt, sowie ein kleines Haus für die Wächter und eine Holzscheune.