В 1896 году в селе Субботино была возведена каменная православная церковь с тремя престолами. Центральный престол освятили в честь Казанской иконы Божией Матери, правый, в честь Святого Духа, а левый, в честь Алексия Человека Божия. Прихожан было 1023 человека, и в приходе действовала школа грамоты. В штате церкви числились священник Георгий Алексеевич Шаховский и псаломщик В. П. Мальцев. Церковь располагала усадебной землей в три десятины и полевой землей в тридцать десятин.

В 1939 году большевики разрушили церковь Казанской иконы Божией Матери. По словам прихожан, 14 июня 1939 года под руководством Якова Фомича и Тимофея Климовых собирали подписи, якобы для сохранения храма. Однако в документе, где подписывались люди, позже дописали, что церковь должна быть взорвана, что и произошло. Храм был уничтожен, колокольня разрушена, а вековые деревья спилены. На месте храма пытались построить клуб и школу, но ничего не удалось. Во время войны снаряд попал в почти достроенное здание школы, и теперь там пустырь. Новый храм в селе Субботино построили на другом месте, инициатором строительства стал архимандрит Ипполит.

В 1984 году отец Ипполит вернулся в Россию после восемнадцатилетнего послушания на Святой Афонской Горе. Он стремился остаться на родине, которую любил и о которой тосковал. Для строительства храма он продал свой дом и собрал подписи, чтобы остаться в приходе. Началось строительство храма Казанской иконы Божией Матери.

Однако судьба распорядилась иначе: отец Ипполит был назначен настоятелем Рыльского Свято-Николаевского монастыря. Его начинания не пропали даром: Виктор Викторович Хлопов, уроженец села, стал пастырем строящегося храма.

Строительство церкви было сложным. Ветхое здание бывшего детского сада обложили кирпичом, стены внутри поштукатурили и покрасили. Средств, оставленных отцом Ипполитом, не хватало, но Виктор сумел привлечь односельчан и спонсоров. На их деньги пристроили алтарь и сделали купол. Большую помощь оказали родители Виктора, председатель колхоза В.Ф. Сурненков, начальник ДРСУ Н.А. Доренский, заведующий магазином В.В. Воробьев, прихожане Т.А. Марцинюк, Т.А. Степанова и многие другие. Каждый взрослый житель считал своим долгом поработать на строительстве церкви хотя бы один день. В итоге храм был построен, проведен газ, и начались богослужения. Отец Виктор 21 марта 1995 года стал настоятелем субботинского храма Казанской иконы Божией Матери.