Церковь в честь иконы Божией Матери "Всецарица" была преобразована из часовни, которая находилась при бывшей Романовской больнице Костромской Феодоровской общины сестёр милосердия. Эта община была основана Костромским отделением Российского общества Красного Креста в 1912-1913 годах. Сама Феодоровская община в Костроме появилась в 1900 году, а в 1903 году для неё построили каменный двухэтажный дом на улице Нижняя Дебря. К 300-летнему юбилею дома Романовых к зданию общины была пристроена больница, которая сейчас используется как онкологический диспансер. 20 мая 1913 года больницу посетили Император Николай Второй и Великие княжны Ольга, Татьяна, Мария и Анастасия. В связи с реконструкцией здания онкологического диспансера было решено переоборудовать часовню, которая была закрыта в 1919 году и в последние годы использовалась как ритуальное помещение, в церковь.