В 1773 году за Новой Слободой, напротив Ямской слободы, в районе современной улицы Некрасова в Брянске была выделена земля для второго городского кладбища. В период с 1776 по 1779 годы на средства купца первой гильдии П.С. Устинова, прихожанина храма в честь иконы Божией Матери «Тихвинская», на кладбище был возведен каменный храм в честь Нерукотворного образа Спасителя. Согласно резолюции от 21 апреля 1779 года, освящение нового храма было поручено игумену Брянского Петро-Павловского монастыря Паисию. В том же году началось строительство каменной колокольни. Предполагается, что в храме был придел в честь Святителя Митрофана, Епископа Воронежского, так как на карте Брянска 1906 года храм обозначен как Митрофаньевский, а кладбище при нем названо кладбищем Святителя Митрофания. В «Историческом описании церквей и приходов г. Брянска и уезда» 1905 года храм не упоминается, вероятно, из-за отсутствия самостоятельного причта и прихода.

В 1929 году Брянский окрфинотдел предложил закрыть Митрофаньевский храм, поскольку он не использовался и находился в запущенном состоянии. Это решение было реализовано в феврале 1930 года. Вскоре храм был разрушен, а кладбище закрыли в конце 1949 года. По благословению Архиепископа Брянского и Севского Мелхиседека в 1995 году началось строительство нового храма на месте бывшего кладбища, и строительные работы продолжаются до сих пор.