Церковь Богоявления Господня, известная также как Кукшинская, была построена в первой половине XVIII века, а последние изменения в её архитектуре произошли в 1875 году. Основное здание представляет собой четверик с полуглавиями, завершённый восьмериком. В 1875 году была добавлена трапезная с приделами, посвящёнными Кукше Печерскому и Петру и Онуфрию Великим, а также колокольня в стиле классицизма.

Первое упоминание о храме содержится в Писцовой книге 1625, 1626 годов, составленной писцом Василием Васильевичем Чернышевым и подьячим Осипом Богдановым. В ней говорится о двух деревянных церквях, стоявших на этом месте: Богоявления Господня и Пятницы Параскевы. Обе церкви находились на территории Мценского посада, Плетеного города, и ворота рядом с ними назывались Богоявленскими. Один из храмов был холодным и просторным, а другой, тёплым, то есть отапливаемым зимой. При церквах располагались дворы церковного причта и несколько бобыльских дворов. Освящение одной из церквей во имя Св. Параскевы Пятницы указывает на наличие городского торга, что неудивительно, так как от Богоявленских ворот шла дорога на Орёл. Позднее в документах второй половины XVII века упоминается только одна деревянная Богоявленская церковь.

В XVIII веке деревянный храм был заменён кирпичным, построенным купцом Боровитиновым и служилым человеком Анофрием Ходановым. В 1915 году А.И. Фирсов описал церковь как стоящую на окраине города, на валу, возвышающемся над железнодорожным полотном, на старом кладбище. Каменная церковь, посвящённая Богоявлению Господню, была старейшей в городе. Долгое время она оставалась без прихода и постепенно приходила в упадок, а её колокольня наклонилась и грозила падением. В 1875 году при храме было учреждено братство во имя священномученика Кукши, которое восстановило старый храм и пристроило новую колокольню и трапезную церковь с приделами. Храм был небольшим и тёмным, а его святыней являлась частица мощей Св. Кукши. В правой части иконостаса находилась рака из кипарисового дерева с иконой священномученика, на которой он изображён в полном облачении. Мощи священномученика покоятся в Антониевых пещерах Киево-Печерской лавры, а часть их была торжественно привезена в город 26 августа 1895 года.

Церковь Богоявления была закрыта в 30-е годы XX века. Она сильно пострадала во время Великой Отечественной войны, и вскоре после её окончания руины церкви были снесены.