История усадьбы на Покровке начинается с 1780-х годов. В середине XIX века она принадлежала А.Ф. Марку, представителю известной семьи "московских немцев" Вогау и Марков. В 1860-х годах Дмитрий Петрович Боткин приобрел усадьбу, оформив её на свою жену Софью Сергеевну. Боткины, известные в Москве чаеторговцы, были уважаемой купеческой семьей. Дмитрий Петрович с юности увлекался коллекционированием искусства и стал признанным экспертом в этой области. Писатель П. Д. Боборыкин отмечал, что Боткин тщательно подбирал картины, избегая модных и эксцентричных сюжетов. Изначально коллекция, состоявшая в основном из западноевропейских произведений, находилась в доме на Петроверигском переулке, но позже была перенесена на Покровку.

В 1867 году усадьба была перестроена в русском стиле архитектором А. С. Каминским. Особенностью проекта были арки, сохранившиеся во дворе, которые визуально соединялись с арками дома Апраксиных-Трубецких на противоположной стороне улицы, создавая интересную анфиладу. На территории усадьбы также находились коровник, курятник и подвалы с провизией.

В двухэтажном корпусе Боткин организовал художественную галерею с тремя залами, доступную для посещения в определенные дни. В коллекции были работы известных западноевропейских и русских художников, таких как Ш. Ф. Добиньи, Ж. Б. К. Коро, К. Тройон, А. А. Иванов, И. Н. Крамской и В. Д. Поленов. Галерею посещали Л. Н. Толстой и А. А. Фет.

После смерти Дмитрия Петровича коллекция была разделена: часть отправилась во Францию, а другая пополнила собрание Музея изящных искусств на Волхонке после революции. В начале XX века усадьба принадлежала его сыну Петру Боткину. В советское время здесь разместились коммунальные квартиры, а в настоящее время, различные офисы и кафе.