Дом, который является частью обширной усадьбы, был построен в 1822 году дворянами Васильчиковыми. Полную историю можно узнать, посетив соседний дом №14 на Гоголевском бульваре. С 1865 года усадьба принадлежала купеческой семье Александра Владимировича Алексеева.

После смерти мужа в 1884 году Елизавета Михайловна Алексеева, урожденная Бостанджогло, разделила усадьбу на две части и продала большую часть с главным домом. В 1885-1886 годах она построила для себя небольшой двухэтажный особняк на углу с Колымажным переулком. Проект был разработан Дмитрием Николаевичем Чичаговым, который продемонстрировал здесь свое мастерство в эклектике. Особняк с флигелями и хозяйственными постройками образует каре, размыкающееся красивыми воротами на бульваре. На торце, выходящем во двор, в овале из орнамента виден вензель хозяйки, «А».

После смерти Е.М. Алексеевой в 1908 году особняк перешел к ее младшей дочери Елизавете Александровне Руперти, которая поручила архитектору А.Э. Эрихсону изменить интерьеры.

В 1918 году прежние владельцы были выселены, и здание занял один из департаментов Комиссариата земледелия. Во время Великой Отечественной войны и в первые послевоенные годы здесь располагалось Главное управление контрразведки «СМЕРШ» Народного комиссариата обороны СССР.

В настоящее время в здании находится финансовое управление МИДа.