Монастырь, известный как Богородице-Феодоровский, был основан на берегу Волги в начале XIII века на месте деревянной часовни, где находилась Феодоровская икона Божией Матери. По легенде, Юрий Долгорукий основал монастырь и город в 1152 году. В 1238 году город был разрушен войсками Батыя, а монастырь сгорел. Современные историки сомневаются в существовании монастыря в XII веке, так как нет прямых доказательств. «Повесть о житии Александра Невского» упоминает постриг князя, но не указывает конкретный монастырь. В «Сказании о явлении и чудесах Феодоровской иконы Богоматери в Костроме» XVII века говорится о переносе иконы из Городца в Кострому, но не о существовании монастыря.

Археологические раскопки не обнаружили культурного слоя XII-XIV веков на предполагаемом месте монастыря, но и не опровергли его существование. Место, где находилась икона, было разграблено и сожжено. Икона считалась утраченной, но спустя годы её вновь обрели. Легенды об этом событии разнятся. Икона в монастырь не вернулась, но здесь появился чудотворный список, ставший главной святыней Феодоровской церкви.

Между 1263 и 1282 годами Городец стал столицей княжества, и монастырь стал его главным монастырём. В XIV веке здесь жил будущий святой Павел Обнорский. Монастырь существовал до XV или XVII века, когда место снова заселили, и монастырь упразднили.

Монастырь был восстановлен 20 марта 1700 года по благословению патриарха Адриана, благодаря стараниям церковных старост И. Юдина и С. Осокина. К тому времени Волга изменила русло, и монастырь оказался вдали от берега. В 1700 году здесь построили деревянный храм в честь Феодоровской иконы с приделом во имя Александра Невского. В XVIII веке монастырь несколько раз менял статус. В 1764 году его решили упразднить, но благодаря ходатайству епископа Феофана Чарнуцкого он стал заштатным. В июне 1870 года монастырь получил статус 2-классного общежительного, а его настоятель стал архимандритом. В XIX веке монастырь находился на нынешнем месте, вошедшем в черту Городца. В 1927 году монастырь закрыли, его здания использовались под почту, школу и больницу. Сохранились кельи и Церковь святителя Пантелеимона.

В монастыре хранится чтимый список Феодоровской иконы, одной из самых почитаемых в России. 29 августа 2008 года возобновили традицию крестного хода в Городце. 29 января 2009 года освятили 12 колоколов, изготовленных из сплава меди, олова и серебра. Колокола, весом 2,2 тонны, передал управляющий Уральской горно-металлургической компании Андрей Козицын. 27 мая 2009 года Священный Синод благословил открытие мужского монастыря в честь Феодоровской иконы. Наместником назначен игумен Августин. В июле 2009 года состоялись молебен и освящение крестов для куполов Феодоровского собора. В августе завершили установку фаянсового иконостаса, иконы для которого написали сёстры Тихвинского монастыря. Этот иконостас стал третьим в храмах Нижегородской епархии.