Le monastère, connu sous le nom de Bogoroditse-Feodorovsky, a été fondé sur les rives de la Volga au début du XIIIe siècle à l'emplacement d'une chapelle en bois, où se trouvait l'icône de la Mère de Dieu de Feodor. Selon la légende, Youri Dolgorouki a fondé le monastère et la ville en 1152. En 1238, la ville a été détruite par les troupes de Batu, et le monastère a brûlé. Les historiens modernes doutent de l'existence du monastère au XIIe siècle, car il n'y a pas de preuves directes. La « Vie d'Alexandre Nevski » mentionne la tonsure du prince, mais ne précise pas le monastère. Dans le « Récit de l'apparition et des miracles de l'icône de Feodor de la Mère de Dieu à Kostroma » du XVIIe siècle, il est question du transfert de l'icône de Gorodets à Kostroma, mais pas de l'existence du monastère.

Les fouilles archéologiques n'ont pas révélé de couche culturelle des XIIe-XIVe siècles à l'emplacement supposé du monastère, mais n'ont pas non plus réfuté son existence. L'endroit où se trouvait l'icône a été pillé et brûlé. L'icône était considérée comme perdue, mais après des années, elle a été retrouvée. Les légendes sur cet événement varient. L'icône n'est pas revenue au monastère, mais une copie miraculeuse est apparue, devenant la principale relique de l'église de Feodor.

Entre 1263 et 1282, Gorodets est devenu la capitale du principauté, et le monastère est devenu son principal monastère. Au XIVe siècle, le futur saint Paul Obnorsky y a vécu. Le monastère a existé jusqu'au XVe ou XVIIe siècle, lorsque le lieu a été de nouveau peuplé et le monastère a été supprimé.

Le monastère a été restauré le 20 mars 1700 avec la bénédiction du patriarche Adrien, grâce aux efforts des anciens de l'église I. Ioudine et S. Osokine. À cette époque, la Volga avait changé de cours, et le monastère s'est retrouvé éloigné de la rive. En 1700, une église en bois a été construite en l'honneur de l'icône de Feodor avec une chapelle au nom d'Alexandre Nevski. Au XVIIIe siècle, le monastère a changé plusieurs fois de statut. En 1764, il a été décidé de le supprimer, mais grâce à la demande de l'évêque Théophane Tcharnoutsky, il est devenu un monastère hors statut. En juin 1870, le monastère a obtenu le statut de monastère communautaire de 2e classe, et son supérieur est devenu archimandrite. Au XIXe siècle, le monastère était situé à l'endroit actuel, qui est entré dans les limites de Gorodets. En 1927, le monastère a été fermé, ses bâtiments ont été utilisés pour le bureau de poste, l'école et l'hôpital. Les cellules et l'église de saint Panteleimon ont été conservées.

Le monastère abrite une vénérable copie de l'icône de Feodor, l'une des plus vénérées en Russie. Le 29 août 2008, la tradition de la procession a été renouvelée à Gorodets. Le 29 janvier 2009, 12 cloches fabriquées en alliage de cuivre, d'étain et d'argent ont été bénies. La cloche, pesant 2,2 tonnes, a été donnée par le directeur de la société minière et métallurgique de l'Oural, Andreï Kozytsyn. Le 27 mai 2009, le Saint-Synode a béni l'ouverture d'un monastère masculin en l'honneur de l'icône de Feodor. L'abbé a été nommé igoumène Augustin. En juillet 2009, une prière et la bénédiction des croix pour les dômes de la cathédrale de Feodor ont eu lieu. En août, l'installation d'un iconostase en faïence a été achevée, les icônes ayant été peintes par les sœurs du monastère de Tikhvin. Cet iconostase est devenu le troisième dans les églises de l'éparchie de Nijni Novgorod.