Музей был основан 9 июля 1925 года, когда было принято решение о создании Центрального музея Республики немцев Поволжья. В первые годы его существования была собрана уникальная коллекция одежды и бытовых предметов немецкого и украинского населения республики, а также старинные рукописи и материалы по истории иностранных колоний, этнографии и археологии. Инициатором создания и первым директором музея стал Георг Генрихович Дингес, профессор Саратовского университета, известный как талантливый ученый-лингвист и этнограф. В музее велась активная научно-исследовательская работа. Однако в августе 1941 года, после ликвидации Республики немцев Поволжья, музей был закрыт, а большинство его экспонатов распределено по различным организациям, что привело к их утрате.

После окончания Великой Отечественной войны музей возобновил свою работу, но уже как городской краеведческий музей. Наиболее значительным стал период середины 1960-х годов, когда под руководством нового директора Евдокии Александровны Боженко музей начал развиваться на основе краеведческой работы. Однако полностью вернуться к классической музейной деятельности, как это было в 1920-е годы, удалось только в начале 1990-х годов. В это время музей в седьмой раз переезжает в новое просторное здание, что ознаменовало новый этап его развития. В середине 1990-х годов под руководством директора С.И. Спиридоновой началась активная работа по профессиональному возрождению музея.