К началу XX века пустынь представляла собой благоустроенный монастырь с тремя храмами. Третья церковь, каменная и холодная, с одним престолом в честь Сошествия Святого Духа на Апостолов, была расположена на третьем этаже жилого здания. Её строительство финансировала помещица Варвара Алексеевна Любавская, а после её смерти храм был достроен на пожертвования и освящён в 1903 году.

В 1918-1919 годах монастырь закрыли, а его имущество передали в ведение Уотсобесов и землеотделов. Обитель была разорена, а монахи изгнаны. Спасо-Преображенский Пронский мужской монастырь на 95 лет исчез из списка монастырей Русской Православной Церкви. В 1940-е годы в его зданиях разместили детский дом, а затем Пронскую специализированную коррекционную школу-интернат, которая существовала со времён окончания Второй мировой войны. Размещение детей-сирот, оставшихся без попечения родителей, помогло сохранить здания монастыря от полного разрушения, хотя и не в их первоначальном виде. Два храма обители не сохранились: на месте Троицкого построили дом, а Свято-Духовский на третьем этаже братского корпуса был снесён. Трехсвятский храм лишился барабана и купола и был переоборудован в жилое помещение. После закрытия интерната в помещениях монастыря разместился православный лагерь детского образовательного центра «Пронюшка».

В феврале 2011 года, по благословению правящего архиерея Рязанской епархии, началось возрождение древней Пронской святыни. С возрождением жизни обители она получила статус Архиерейского подворья. В октябре 2013 года, по решению Священного Синода, Спасо-Преображенский Пронский мужской монастырь был вновь открыт.