Учебное заведение было основано в 1851 году епископом Николаем Доброхотовым, когда духовное училище было переведено из Лебедяни. Оно находилось в доме купца на месте бывшей усадьбы Байкова и состояло из трех отделений: начального, среднего и высшего, каждое из которых предусматривало двухлетнее обучение. В начальное отделение принимали детей в возрасте 7-8 лет. До 1895 года при училище действовала домовая церковь.

В 1895 году старое здание училища было закрыто. К 1903 году на средства Тамбовской епархии был построен новый корпус по проекту архитектора А. Г. Свирчевского. С 1904 года в этом корпусе вновь открылась домовая церковь, и училище стало называться Серафимовским.

В 1914 году в здании училища разместили госпиталь, который посетил император Николай II. Ученики Серафимовского духовного училища занимались в здании 1-го Тамбовского училища в первую смену, а воспитанники 1-го училища, во вторую.

В октябре 1918 года училище было закрыто, а его здание передано народному образованию. Там разместилась средняя школа №6. Во время войны в этом здании находился военно-эвакуационный госпиталь.

Сейчас в этом здании располагается светский лицей МОУ №6 при ТТГУ.