В начале XVII века в монастыре была построена каменная двухэтажная церковь с пятью куполами, посвящённая Богоявлению Господню. Точные даты её возведения неизвестны, но в отчёте за 1905 год указано, что это произошло в 1615 году. В церкви находился придел в честь Рождества Пресвятой Богородицы, а её стенопись и иконостасы были выполнены в 1849 году.

В 1699 году пожар уничтожил все деревянные постройки монастыря. В начале XVIII века, по благословению митрополитов Ростовских Иоасафа Лазаревича и Димитрия Туптало, на месте сгоревших храмов были возведены новые здания.

В 1918 году советская власть официально закрыла монастырь, однако монашеская община продолжала свою деятельность. Окончательное закрытие произошло около 1928 года, когда братия подверглась репрессиям, а на территории монастыря разместился совхоз.

В 1990-е годы оставшиеся постройки монастыря были возвращены Церкви. К 2000 году сохранились полуразрушенные Успенский храм, колокольня, трапезный и настоятельский корпуса, а также конюшня. Монастырь оставался единственным памятником архитектуры XVIII и XIX веков в Пошехонском районе.

Согласно решению Священного Синода от 7 марта 2000 года, монастырь был вновь открыт, но уже как женский. Богослужения проводились в сенях Богоявленского храма. Осенью 2006 года, по решению Священного Синода, монастырь снова стал мужским.