Формирование фондов филиала «Дом-музей народного художника СССР В.А. Игошева» началось в 2001 году с передачи произведений живописи, графики и декоративно-прикладного искусства из личной коллекции Владимира Александровича Игошева, народного художника СССР (1921-2007 гг.).

С 2004 года, после проведения на базе музея Всероссийского фестиваля «Россия-Арт-Югра», началось комплектование коллекции произведений, посвящённых Ханты-Мансийскому автономному округу-Югре. Пополнение фондов произведениями живописи, графики и фотодокументами происходило за счёт Управления делами Губернатора ХМАО-Югры, РОСИЗО, Российского Фонда Культуры и частных коллекций Москвы.

Филиал разработал и активно применяет механизмы безвозмездной передачи культурных ценностей в музейный фонд: организация выставок региональных художников с последующей передачей их произведений в музей, обращения к различным организациям с просьбой о передаче отдельных произведений и коллекций, а также контакты с частными коллекционерами из окружения В.А. Игошева.

В здании филиала хранится 1339 единиц музейного хранения: 1128 из основного фонда и 211 из научно-вспомогательного.

Коллекция живописи В.А. Игошева включает 107 единиц хранения, из которых 94, это живопись, а 13, графика. Хронологически она охватывает период с 1948 по 1990 годы, что позволяет проследить эволюцию стиля художника. Тематически коллекция делится на три блока: произведения Северного цикла, посвящённые жизни коренного населения Ханты-Мансийского округа, картины, созданные во время путешествий по России и за границей, и семейные портреты.

Основу коллекции графики российских художников XX века составляют 17 произведений советских авторов, переданных в дар музею В.А. Игошевым. В 2004-2005 годах фонды музея пополнились гравюрами московского художника Мюда Мечева, посвящёнными карело-финскому эпосу «Калевала». Четыре графических листа с портретами Пушкина, Гоголя, Достоевского и Толстого, созданные народным художником СССР Виталием Горяевым, были подарены музею его сыном, народным художником РФ Сергеем Горяевым. В рамках программы «Дары и дарители» Российского Фонда Культуры музей получил 30 произведений московского художника Николая Шишловского. В 2009 году в рамках этой программы была передана коллекция «Музей современного искусства», включающая 537 произведений.

Коллекция декоративно-прикладного искусства и предметов быта является частью обширного частного собрания, сформировавшегося в результате многочисленных поездок Владимира Игошева по России и за границу. Это собрание разнообразно как в географическом, так и в хронологическом отношении, сочетая произведения высокой художественной ценности с предметами мемориального значения. Коллекция позволяет раскрыть разные грани личности художника, познакомиться с его вкусами и предпочтениями.