В начале XX века предприниматель и железнодорожный магнат Петр Перцов, построивший тысячи верст железных дорог в России, решил возвести себе дом. Его друг и русофил Иван Цветков предложил ему информацию о продающемся участке рядом с храмом Христа Спасителя, при условии, что дом будет выполнен в русском стиле. Перцов согласился, и Цветков сообщил ему, кто продает участок.

Был объявлен конкурс на лучшее оформление дома, в жюри которого вошли известные художники Виктор Васнецов, Василий Суриков, Василий Поленов и архитектор Федор Шехтель. Однако Перцов сам выбрал художника Сергея Малютина, члена Союза русских художников, иллюстратора сказок Пушкина, оформителя театральных спектаклей и автора дизайна матрешки.

В проекте дома Малютин воплотил целый славянский мир: птицы сирин, солнце Ярило, сцены с быком и медведем, совы и другие персонажи древнего эпоса. По его эскизам была изготовлена и мебель.

Следуя старинной русской традиции экономической безопасности, Перцов записал недвижимость на свою жену, поэтому здание называется Домом Перцовой, а не Перцова. В одной части дома жила его семья, а другая сдавалась в аренду.

В подвале находился театр «Летучая мышь», своего рода Comedy Club дореволюционной Москвы, основанный Никитой Балиевым и Николаем Тарасовым, где ставились пародии на спектакли других московских театров. Здесь мхатовские знаменитости выступали в неожиданных амплуа. Театр привлекал весь свет общества, вход был только по специальным приглашениям, и среди гостей можно было встретить Константина Станиславского, Евгения Вахтангова, Федора Шаляпина и Леонида Собинова.

Сегодня в здании располагается Главное управление дипломатическим корпусом МИД России, и оно закрыто для публики.