Планировка Морозовской детской больницы была основана на павильонном принципе, который был выбран после изучения европейского опыта подобных учреждений. Для различных категорий пациентов строились отдельные изолированные корпуса в зависимости от типа заболевания, чтобы предотвратить перекрестное заражение. Это решение было принято специальной врачебной комиссией, в которую входили главный врач больницы св. Владимира С. Василевский, главный врач Сокольнической больницы В. Шнауберт и главный врач проектируемой Морозовской больницы Н. Алексеев. Архитектор И. А. Иванов-Шиц работал над планом территории и расположением корпусов в соответствии с этой программой.

Основой больничного корпуса служил просторный общий зал, к которому примыкали более мелкие палаты.

Корпус для дифтерийного отделения был построен в 1902 году и открылся в январе 1903 года как одно из первых отделений Морозовской больницы. Он был рассчитан на 40 пациентов и включал 2 павильона по 14 кроватей, 2 паровые комнаты по 2 кровати, 2 палаты по 3 кровати, 1 палату на 2 кровати, операционную, лабораторию, 2 буфета, 2 клозета и 2 комнаты для дневного пребывания детей. Планировка и отделка здания были аналогичны «скарлатинному корпусу» больницы. При необходимости корпус мог быть разделен на два отдельных отделения с самостоятельными входами для предотвращения распространения инфекции.

Изначально здание было одноэтажным, с вторым этажом только в левой части, где находились основные и вспомогательные входы. Асимметричная композиция придавала зданию динамичность. Центр правой, одноэтажной части выделялся ризалитом с большим окном, шире остальных. Все окна украшались модерновыми «сандриками», выделяясь на фоне неоштукатуренных кирпичных стен. Здание стояло на невысоком цоколе с заглубленными окнами.

В 1950 году одноэтажная часть здания была надстроена вторым этажом. В советское время к зданию были добавлены пристройки, что изменило первоначальную композицию корпуса. Тем не менее, основное ядро здания сохранилось хорошо.