Церковь святых Захарии и Елисаветы является первой каменной постройкой Свято-Троицкого Клименецкого монастыря и, вероятно, старейшим каменным сооружением на Большом Клименецком острове. Построенная в 1757 году на средства, пожертвованные императрицей Елизаветой Петровной, церковь, вероятно, была возведена артелью крестьянских мастеров, не знакомых с популярным в то время барочным стилем. Архитектура здания проста и архаична: это четверик с притвором и четырехугольной апсидой, крыша четырехскатная, увенчанная одной главкой. Внешний декор минимален и включает столпы-лопатки на боковых стенах и бегунок по апсиде из кирпича, уложенного под углом.

В 1840 году церковь была немного перестроена, а в 1906 году пострадала от пожара, но в отличие от большинства других монастырских строений, уцелела. В 1920-е годы церковь закрыли вместе с монастырем, а в послевоенное время она использовалась для проживания персонала пионерского лагеря, который разместился в бывших монастырских зданиях.

Сегодня, после закрытия лагеря, территория урочища Клименицы заброшена. Церковь Захарии и Елисаветы, по неподтвержденным данным, иногда используется как жилое помещение. Второй этаж частично остеклен и утеплен, установлена печь с дымоходом через купол. Нижняя часть церкви в более плачевном состоянии. В полу при входе оборудован ледник-яма, где обнаружены человеческие останки, захороненные после уничтожения монастырского кладбища в советские годы. Основное помещение храма частично расчищено от завалов, включая пол левого клироса, где, по преданию, покоятся мощи основателя монастыря Ионы Климецкого. На стенах алтаря сохранились фрагменты фресок, которые пытались сбить при переоборудовании здания; сегодня они разрушаются из-за влажности и отсутствия остекления. Состояние здания вызывает опасения: кирпич разрушается, штукатурка отсутствует, а своды без крыши близки к обрушению.