Считается, что церковь Зачатия праведной Анны в Зарядье была построена не ранее 1547 года из белого камня с кирпичными сводами. Точная дата основания церкви неизвестна, но первое упоминание о деревянном храме на этом месте относится к 1493 году, когда старая деревянная церковь сгорела. В настоящее время храм расположен на Москворецкой набережной, 3. До 1930-х годов, до сноса стен Китай-города, у церкви был другой адрес. Она находилась в небольшом квартале на углу китайгородской стены, где сходились два переулка: Кривой на север и Мокринский, который подходил к храму с запада. Мокринский переулок больше не существует, но с XII до конца XV века это была главная улица Москвы, называвшаяся Великой улицей. Она шла от ворот Кремля до Зачатьевской церкви, параллельно реке, и вела к москворецким пристаням.

Фасады Зачатьевской церкви, как и сейчас, завершались трёхлопастными арками, покрытыми чернолощёной черепицей. Такая конструкция позволяла обходиться без внутренних столпов и создавала впечатление креста из пересекающихся сводов. В XVII-XVIII веках трёхлопастное покрытие заменили на четырёхскатную кровлю, под которой виднелись кокошники.

В первой половине XVII века с юга к церкви был пристроен придел святого Мины, заказчиком которого стал князь Дмитрий Пожарский. Возможно, он проводил параллель между освобождением Москвы от интервентов в 1612 году и освобождением России от ордынского ига, которое, как считалось, пало в день св. Мины, 11(24) ноября 1480 года. Придел также был перекрыт крещатым сводом.

Северный, Екатерининский придел был построен в 1658-1668 годах, возможно, в честь рождения у царя Алексея Михайловича дочери Екатерины. Вместе с приделом возвели галерею вокруг древнего храма. В 1752 году у западной стены галереи появилась скромная барочная колокольня, а арки галереи превратили в окна. Ремонтные работы проводились и в XIX веке.

Службы в церкви продолжались до конца 1920-х годов. После закрытия в здании разместились различные учреждения, а внутреннее убранство было утрачено. В 1954 и 1957 годах храм исследовали известные реставраторы Л.А. Давид, Б.Л. Альтшуллер и С.С. Подьяпольский. Реставрацию проводил Л.А. Давид: он вернул трёхлопастные арки, разобрал колокольню как позднюю пристройку, восстановил галерею и построил крыльцо на месте колокольни. Первоначальные порталы также были восстановлены. В таком виде церковь сохраняется как памятник московской старины и объект культурного наследия. Сейчас она входит в состав патриаршего подворья храмов в Зарядье.