5 июля 2002 года, по благословению архиепископа Красноярского Антония Черемисова, в село Кочергино прибыли три монахини из Благовещенского монастыря Красноярска, чтобы восстановить Вознесенский храм и создать при нем женскую обитель. Они разместились в здании бывшего детского сада. Уже 20 июля того же года была проведена первая праздничная служба в честь Воскресения Христова и Казанской иконы Божией Матери с акафистом. Официальное учреждение монастыря состоялось в 2003 году. С 2005 года появилась традиция ежегодного крестного хода на праздник Вознесения от Минусинского Спасского собора до Вознесенского храма в Кочергине. 1 июня 2006 года архиепископ Антоний возглавил торжественную Божественную литургию с освящением Вознесенского храма.

Вознесенский приход в селе Кочергино Енисейской губернии был основан в 1857 году. В него вошли жители нескольких близлежащих деревень: Шошино, Мурино, Таскино, Жерлык и Белый Яр. По данным 1901 года, в приходе числилось 4813 прихожан. В этом же году в селе начали строить деревянную церковь на каменном фундаменте в честь Вознесения Господня, завершив строительство в 1862 году. Храм освятили 8 января 1863 года. В 1879 году церковь была отремонтирована и просуществовала до 1908 года, когда начала действовать новая каменная церковь.

В 1886 году при храме открыли церковно-приходскую школу, которая в 1900 году стала двухклассной. В 1907 году в школе обучались 30 мальчиков и 23 девочки, учителем был диакон Щербаков, а учительницей З. Узоровых. В начале 1910-х годов преподавателями были П.Я. Фролова и В.К. Гузь. По штатному расписанию 1889 года в причте должны были состоять священник, диакон и псаломщик.

В 1896 году прихожане обратились в Енисейское духовное правление с просьбой построить новый каменный храм вместо старого деревянного. В 1900 году началось строительство, которое велось силами жителей села Кочергино и окрестных деревень. В 1901 году работы были приостановлены, но в 1905-1906 годах строительство возобновилось: церковь побелили, вставили решетки и рамы в окна, частично покрыли крышу железом. В 1908 году, после завершения внутренних работ и установки иконостаса, храм освятили и он стал действующим. К весне 1913 года вокруг церкви возвели железную ограду на каменном основании.

В 1930-е годы храм закрыли, сняли купола с крестами и переоборудовали под зернохранилище. Последнего настоятеля, священника Всеволода Баркова, арестовали и сослали на 10 лет в Колымские лагеря.

В 2002 году началось восстановление Вознесенского храма как главного храма Вознесенской женской обители, и к 2010 году реставрация была завершена.