В 1894 году Самару посетил протоиерей Иоанн Кронштадтский. После его визита владыка Гурий предложил жителям собрать средства для строительства храма в Засамарской слободе. Решили возвести деревянную церковь на сваях, чтобы избежать затопления. Торжественное освещение будущей постройки прошло 13 октября 1896 года, а закладка храма состоялась 2 июня 1897 года.

Строительство шло активно, и через год церковь уже возвышалась. Однако открытие самостоятельного прихода и освящение храма в Засамарской слободе задержались почти на год. Эти события состоялись 1 октября 1899 года в праздник Покрова Пресвятой Богородицы. Один из очевидцев отмечал, что храмоздатели и жители слободы были в восторге, а звон колоколов новоосвященного храма звучал до позднего вечера.

Иоанну Кронштадтскому отправили телеграмму с сообщением: «Освятив храм в Засамарской слободе, построенный в память Вашего визита в Самару, с молитвой и уважением вспоминаем Вас. Досточтимый о. Протоиерей. Епископ Гурий и Строители храма».

Церковь простояла до 13 октября 1932 года, когда президиум Самарского горсовета решил закрыть ее за рекой Самаркой.

Лишь спустя 70 лет о храме вспомнили. 27 сентября 2001 года, по благословению архиепископа Самарского и Сызранского Сергия, в праздник Воздвижения Животворящего Креста Господнего, настоятель Ильинской церкви г. Самары, иерей Виктор Проничкин, освятил поклонный крест на месте разрушенной Крестовоздвиженской церкви, который стоит там и поныне.