Im Jahr 1894 besuchte der Protopresbyter Ioann von Kronstadt Samara. Nach seinem Besuch schlug Bischof Guriy den Bewohnern vor, Mittel für den Bau einer Kirche in der Samoschka-Sloboda zu sammeln. Man entschied sich, eine Holzkirche auf Pfählen zu errichten, um Überschwemmungen zu vermeiden. Die feierliche Weihe des zukünftigen Bauwerks fand am 13. Oktober 1896 statt, und die Grundsteinlegung der Kirche erfolgte am 2. Juni 1897.

Der Bau verlief aktiv, und nach einem Jahr erhob sich die Kirche bereits. Die Eröffnung der selbstständigen Gemeinde und die Weihe der Kirche in der Samoschka-Sloboda verzögerten sich jedoch um fast ein Jahr. Diese Ereignisse fanden am 1. Oktober 1899 zum Fest der Schutzherrschaft der Heiligen Gottesmutter statt. Einer der Augenzeugen bemerkte, dass die Kirchenbauer und die Bewohner der Sloboda begeistert waren, und das Glockenläuten der neu geweihten Kirche ertönte bis in den späten Abend.

An Ioann von Kronstadt wurde ein Telegramm gesendet mit der Nachricht: „Nachdem wir die Kirche in der Samoschka-Sloboda, die zu Ehren Ihres Besuchs in Samara erbaut wurde, geweiht haben, erinnern wir uns mit Gebet und Respekt an Sie. Hochgeehrter P. Protopresbyter. Bischof Guriy und die Bauherren der Kirche.“

Die Kirche stand bis zum 13. Oktober 1932, als das Präsidium des Samaraer Stadtrats beschloss, sie hinter dem Fluss Samarka zu schließen.

Erst 70 Jahre später wurde an die Kirche erinnert. Am 27. September 2001, mit dem Segen des Erzbischofs von Samara und Syzran Sergiy, weihte der Priester Viktor Pronichkin, der Pfarrer der Iljinsker Kirche in Samara, ein Kreuz an der Stelle der zerstörten Kreuzerhöhungskirche, das dort bis heute steht.