Примерно в 1282 году на месте нынешней Воскресенской церкви по указу первого московского князя Даниила Александровича был основан монастырь в честь святого Даниила Столпника. В 1330 году обитель была перенесена на новое место: князь Иван Калита решил перевести её в Кремль, к церкви Спаса на Бору, чтобы создать монастырь рядом со своим дворцом. Позже Иван III перенесёт этот монастырь в Крутицы, где возникнет Новоспасский монастырь. Старое место Даниловского монастыря пришло в запустение и долгое время оставалось заброшенным. При царе Иване Грозном в 1560 году монастырь был восстановлен, но уже севернее прежнего места, по другую сторону оврага, где и сегодня находится Даниловский монастырь.

На старом месте сохранилось кладбище с небольшой деревянной церковью, которая в 1699 году была перестроена в камне на средства Фёдора Васильева. Посвящение в честь Даниила Столпника исчезло, а главный престол стал носить имя Воскресения Словущего, с тремя приделами: Петропавловским, Никольским и Ильинским. Нынешний храм был построен в 1834-1837 годах на средства Ивана Назарьевича Рыбникова, владельца Даниловской мануфактуры. Его ампирная усадьба на берегу Москвы-реки частично сохранилась и была отреставрирована в начале 2010-х годов.

Церковь Воскресения Словущего, спроектированная архитектором Ф.М. Шестаковым, выполнена в стиле позднего ампира: массивный куб основного храма украшен шестиколонными ионическими портиками с фронтонами и увенчан куполом со световой ротондой. На западной стороне расположены большая трапезная и трёхъярусная колокольня над главным входом. Помимо трёх приделов из старой церкви, в трапезной добавлен четвёртый, во имя Иоанна Златоуста. С юго-запада от храма сохранился небольшой одноэтажный дом причта.

После революции Воскресенский храм продолжал функционировать, и сюда перебрались монахи Даниловского монастыря, оставшиеся на свободе. Однако в 1932 году богослужения прекратились. Здание использовалось различными производственными учреждениями, в том числе Московским объединением по выпуску зонтов. Интерьеры церкви были полностью уничтожены, а снаружи утрачены главы с крестами. Формально переданный верующим вместе с Даниловым монастырём в 1983 году, Воскресенский храм вновь стал действующим только в 1989 году. После длительной реставрации, завершённой в 1998 году, церкви был возвращён её исторический облик: восстановлены завершения, разобраны поздние перегородки и перекрытия, воссозданы росписи и ампирный иконостас.